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2024年1月18日发(作者：transport police woman)
window系统下本地blast+安装与使用教程
一、blast的下载与安装
1.程序下载：访问blast本地软件包链接 blast_latest 下载适合自己系统的blast版本，这里我选择 ncbi-blast-2.2.28+-。
2.安装流程：下载完毕后，双击安装到C:Blast，生成bin和doc两个子目录，其中bin是程序目录， doc是文档目录，这样就安装完成。
3.用户环境变量设置：右键点击“我的电脑”-属性，然后“高级系统设置”选项-“环境变量”，在用户变量下方点击“新建”-变量名：BLASTDB，变量值：C:Blastdb(即数据库路径)。在系统变量下方“Path”添加变量值：C:Blastbin。
4.查看程序版本信息:点击window的"开始"菜单，在运行中输入cmd，调出MS-DOS命令行，转到blast安装目录，输入命令“ blastn -version"即可查看版本。
二、blast本地数据库的构建
1.数据的获取
1.1 直接从NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式必须是fasta,名字可以自己随便命名）。
1.2 从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库（其链接为ftp:///blast/db/FASTA/）其中为非冗余的数据库,为核酸数据库,为最近一个月的核酸序列数据。
1.3 利用新版blast自带的update_进行下载，这需要安装perl程序。
上述三种方法各有优缺点：前两种下载速度较快，但是检索前都需要对数据库进行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是是NCBI中已经格式化好的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可。
2.数据的格式化
以作为查询序列，以作为数据库文件为例。首先将放到C:Blastdb文件夹下，然后调出MS-DOS命令行，转到C:Blastdb文件夹下运行格式化命令。
格式化命令：
C:Blastdb>makeblastdb -in nr -dbtype prot -title "nr" -out NR
Building a new DB, current time: 08/28/2013 08:59:17
New DB name: T
New DB title: nr
Sequence type: Protein
Keep Linkouts: T
Keep MBits: T
Maximum file size: 1000000000B
Adding sequences from FASTA; added 32044604 sequences in 3134.69 seconds.
因此，本地数据库已经建立完毕。
三、blast的使用方法
以作为查询序列，以作为数据库文件为例。
blsat运行命令：
C:Blast> -db NR -query –out -evalue 0.00001
-max_target_seqs 5 -num_threads 4 -outfmt 11
注：将核酸序列比对到蛋白库需要用blastx,outfmt的格式选择11，11为ans.格式，此格式可以转化为其他格式文件。其他参数可以通过-h选择。
如果一切运行良好的话，待运行完毕，你将在blast文件下看到一个的结果。
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