三章:GaussView使用

第三章：GaussView使用：

（3.1）

用高斯进行几何优化后，在GaussView中发现断了根键（或者成键方式变化了），这是什么原因啊？

Quote:

GaussView显示时的成键断键问题的确是对初学者的一个影响挺大的问题。

事实上各个版本的GaussView （包括最新的5.08）只是用来搭建模型和分析计算结果中各种性质。

GaussView对成键断键的判断还没有上升到使用波函数以及各种布居分析给出的键级的层次，在默认的情况下，它对成键与否的判断时唯一的判据是两个原子之间的距离。我想GaussView内部肯定对每一个原子都给出了一个最大成键半径，当两个原子之间的距离大于二者最大成键半径之和，那么默认是不显示成键的。GaussView是否显示成键只能作为一个小小的参考，因为他关于那个最大半径的定义很多时候是不合适的。

不过图形显示中是否成键是可以改变的，在GaussView默认外置的菜单中有一个图标，鼠标放上去会显示"Modify bond"，选中该图标，再去分子显示窗口中选择任意两个你要选择的原子，就可以为他们定义是否成键，成什么级别的键。

为了搭建模型方便，你可以让距离很远的两个原子通过键连起来，好一同移动，也可以让距离很近的两个原子之间断开键，以便调整相互位置。

在使用GaussView时，如果想保留你搭建模型时原子之间的连接关系，可以在计算设置选项卡的General选项卡中选择“Write connectivity”，这样保存后的输入文件下次打开时还会显示当前的连接关系。

由于输出文件.out或者.log不保存原子之间的连接关系，因此，使用GaussView打开输出文件时，程序还是通过原子之间的距离来判断是否成键。

如果想在打开优化之后的结构中显示你在输入文件中定义的连接关系，可以在输入文件中定义检查点文件，也就是在在计算设置选项卡的Link0选项卡中自行输入%chk=文件名.chk，这样计算完成后，用GaussView打开检查点文件会显示你开始定义的连接关系。需要注意的是，如果你的结构在优化的过程中变化较大，那么你开始定的连接关系有可能是错的。另外，如果在linux做的计算，而GaussView是windows版的，需要先使用Gaussian自带的formchk工具将检查点文件转换为.fchk文件才能在windows下打开。即在linux下执行：formchk 文件名.chk，将生成"文件名.fchk”文件

Gaussian计算需要很多的人为参与，使用GaussView软件的时候也是一样的。

（3.2）

想固定某部分原子（键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。。。。）怎么做？

Quote:

=modredundant 命令

在坐标后面写上你要固定的原子序号，例如

1 2 f，限制1-2原子间键长

1 2 3 4 f，限制1-2-3-4原子间二面角

2.使用constants指定，如下例可以固定水的键角105.4度

O

H1 O R

H2 O R H1 A

Variables:

R 1.0

Constants:

A 105.4

3.使用列标记，把直角坐标下的第二列改为-1，则会固定原子坐标，

改为比-1还小的数值，这些被改动的原子间的相对位置固定。

（3.3）

GaussView怎么打不开输出文件？

后续问题：我明明放在桌面上了啊，怎么会有中文路径呢？

后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。请问什么是路径啊？

Quote:

如果你对电脑并不熟悉，建议你使用4以下版本，因为GV4在临时文件存储中在命名时带有中文的时间显示，有时候会导致gv打不开文件（使用虚拟盘可以解决这一问题，所以建议新手先不要急着用）。在gv存储路径中不应该有中文出现，所谓路径就是在你电脑分区中的位置，如e:。而桌面在电脑中的位置是C:Documents and SettingsAdministrator桌面。所以放在桌面上的结果文件gv不会认识的！【图9】

如果你要用GV4以上的版本，你要自己手动做一些调整：

在你的GV4.1的面板上，点击CostomFragment的图标，出现一个对话框。你

把对话框中的Library改成你的GV的安装位置

比如，我的安装位置D:ProgramFilesgview4，那我就把CostomFragment中的Library改成“D:ProgramFilesgview4”

（3.4）

原子可以改变编号吗？怎么改？

Quote:

原子当然可以改变编号了，这在寻找过渡态的时候有大用处。

在GV 工具栏上有个A的按钮，【图10】打开它可以改变原子编号，还可以插入虚原子，改变原子坐标等等。注意改变原子编号的时候要按顺序，比如从小到大，不要乱改。

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阅尽铅华，不再吱声

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yjcmwgk 5楼

发表于 2010-2-18 11:17 | 只看该作者

踩窝窝 送礼物 问候Ta

第四章：其它问题

（4.1）

要查某个杂志属于哪个数据库，怎么查呢？

后续问题：不能下载啊，听说是权限问题，怎么解决呢？

Quote:

对于大部分的大学和科研单位，由于资本有限，不可能购买很多数据库。只能利用别人帮忙下载一些期刊文献，但总版主

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麻烦朋友总不太好。熟话说，求人不如求己。下面我把我怎么获得免费文献的经验告诉大家，希望有所帮助。

首先我们要知道我们要查的期刊文献属于哪个数据库。至于哪些文献属于哪个数据库,例如化学期刊所属数据库列表：/blog/user_?id=10282接下来我们就要知道各数据库的地址，我在这里列一些比较大的数据库：SD:

WILEY:/browse/?type=JOURNAL

ACS:/

RSC:/Publishing/Journals/

SPRINGERLINK:/journals/

THIEME:/connect/en/product-type/

等等......

知道这些数据库，我们就可以搜索到具体文献的下载地址，当然绝大部分文献下载要权限．你采用下面方式快速的获取你所需要的文献。

我们先来了解一下比较大的学术资源搜索论坛或网站：

小木虫：/bbs

诺贝尔学术资源网：

子午学术论坛：/bbs

红军长征：/bbs

萍萍家园：/

红樱桃化学化工论坛：/bbs/

有机化学网：

/

化学吧：/bbs/

阿果资源网：/bbs/

鸭绿江医药论坛：/

愚愚学园：/bbs/

零点花园：/bbs/

龙驰学术资源网：/

等等．．．．．．

在这些论坛注册之后，就可以发文献求助帖子．论坛规定一般一天只能发一个主题帖子，但一个主题帖子可以同时同时求助2-5篇文献。发主题帖子之前一定要先看一下在文献求助版面发帖子的版规（即版面规定）。一般发帖子的格式如下：

【求助原因】：

【篇 号】：

【题 名】：

【作 者】：

【杂志全称或缩写】：

【年份，卷（期），起止页码】：

【全文链接】：

【求助邮箱】：

每个网站发帖子大同小异，为了更快的获取你所需要的文献最好是按照各个论坛版面的规定发主题帖子。

最后一点，千万别忘记了，那就是在你

获得文献之后一定要记得24小时内修改一下你发的帖子的标题，以前是求助，下载完之后要修改成成功或感谢标题。

就这样，就一切OK了。当然你也可能用其他的一些方法获取文献，比方说使用代理。

（4.2）

刚刚接触量化，大侠能不能给点学习建议？（请注意跟1.2的区别，谢谢）

后续问题：我数学没学好，怎么办？

Quote:

刚开始接触的时候，先要搞明白gaussian是干什么的，在哪些方面有什么用，接下来就要慢慢研究高斯98/03中自带的例子，再上网down一些关于这些例子的资料(郭勇的《高斯使用指南》【图4】就很不错)，google一下就可以找到，里面有很多种计算方法，自己算一下，搞明白是怎么来的，结果在哪个地方，输入文件中的命令都是什么意思，然后再对应的去查一下手册，以便以后自己计算的时候随心所用。

对于数学不太好的其实也没有关系，我们在进行量化计算，他不是纯粹的数学计算，不用非得拿个数学硕士才能学高斯，我想只要把自己研究方向中涉及到的数学理论复习一下，再运用到实践中去，效果是非常好的！

（4.3）

一看见量化书里那些公式就头大，没兴趣学下去了。我该怎么办？

后续问题：我以前是做实验的，理论化学的东西太难了，没信心了，帮帮我吧

后续问题：我不想学理论，我只想学学软件操作，行吗？

Quote:

我的建议是最好可以学习一下量化的基础知识，如果由于时间等问题实在学不进去，可以先把软件学会，因为那些基础的公式，理论，都被gauss公司的工程师们编成程序了，你会用就可以做出一些东西。可以简单的分析一下——当然，高水平的分析必须依赖扎实的量化基础。

你们实验室要是有以前做过量化的师兄，那更好了，和学习一下就行，没有的话也无所谓。可以自己学，软件的东西很快就可以学会。

写论文或是文章的时候可以看看人家是怎么写的，怎么分析的，学习一下。结合自己的体系，学着写。毕业论文和水平不是很高的文章应该没什么问题。

但是（这个“但是”很重要），要是你想发高水平文章，必须好好学习基础量化的知识！这是无可避免的。不好好学习量化基础知识，不可能发JPCA、JCP甚至JACS等优秀杂志。甚至可以这么说：量化基本功不扎实，JPCA、JCTC、JCP等杂志的文章，你连看都看不懂，更

别提写了。如果你只想在《inter.

j. quantum. chem.》《j. mol.

struct. theochem》《中国科学B》之类三流、四流的杂志里混，甚至是核心A核心B这种不入流的杂志里混，那你可以不学量化知识——我不是说反语，而是指明两条道路

（4.4）

高斯说明书实在看不下去，我可怎么办呢？

Quote:

1. 英文版的看不下去，有两方面的原因：一是英语，当然主要是计算化学方面的英语基础还不够；另外一方面的原因是计算化学方面的背景知识不够。如果是其中之一，请看中文版的，比较容易下载的是 G03中文用户参考手册 Zork译【图4】

2. 如果以上这本中文的都实在难以看下去，可能是上面两方面都还需要提高。如果情况确实如此，建议看 清华大学 吴国是的 G98使用入门【图11】，这本书很精简，著者在课堂讲过或者演示过，适用初学者。

3.如果最后一本都看不下去，改行吧!

水滴石穿；不积小流，无以成江海。

（4.5）

高斯自带的例子我不会运行，运行完了也看不懂，导师和师兄师姐讨论的问题，完全听

不懂，这咋办？

Quote:

高斯自带的例子中运行的问题：首先要搞明白gaussian98、03如何使用（怎么样将打开输入文件，怎么样保存结果文件（不会就看手册【图4】，前几页配插图讲的很明白），然后，运行高斯自带的例子，得到结果后，下载资料，推荐(郭勇的《高斯使用指南》【图1】)，将输入文件和输出文件打开，慢慢对照着看（命令行的命令是干什么的，对应的结果在结果文件中的位置，单位），不懂的地方记下来，自己研究研究，再不会的地方就到论坛上发帖！

这个问题，倒是很可以去参看下小卒斑竹的帖子，但是看之前要有承受打击的准备哦。帖子地址：/bbs/?tid=1405684

（4.6）怎么问问题，才会得到高人的回答

Quote:

/bbs/?tid=1405684

（4.7）如何获得高斯中没有的基组？

Quote:

/bse/portal

（4.8）为什么要啃高斯说明书？

Quote:

这一节是我临时起意才加上的。主要是想通过一个实例来告诉大家，研习高斯说明书的重要性。这是一位网友给我造成的契机。我在这里不点名，因为我没有任何恶意。相反，我对您充满了敬意。

有些人觉得看高斯说明书没用，我每次看见这样的帖子都心烦，但是我都忍了。但是某天我看见某位网友发了这样一个帖子，我终于不能忍了。其实也不是这个帖有多过分，而是因为这个帖子成了“超过我的忍耐力的最后一根稻草”。其实我倒是真的没有什么恶意，只是想拿这个做个示例，告诉大家，这个高斯说明书的讲解是多么齐全而且准确无歧义。

这位网友说：

Quote:

在g09的用户手册和例子中经常看到是一个简单的分子（比如水、乙烷等）优化构型，接着计算单点能什么的。我的问题是：这两步计算是共用一个分子说明部分，还是第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分？如果我想将第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分，第二步计算结果作为第三步

的分子说明部分，第三步计算结果作为第四步计算的分子说明部分，并且每一步计算中的电荷数和自旋多重度要自己定义，每一步的计算结果都要写在输出文件中（也就是.log中）以方便最后使用gview查看结果，命令行应该如何写？同时如何用gview查看每一步的计算结果也是个问题？另外，听人说g09不稳定，这种连续计算要是中间某一步出错，整个计算就会终止，如何避免？希望大家能够耐心点给出命令行的写法及注意事项，不要一个--link1--命令行就了事，其实这里面有很多说道及注意事项的，用户手册和例子中也没有明确地说明，需要大家给出自己的使用心得与经验，谢谢大家！

我终于忍不住了，就花一中午的时间，回了一个帖子（我当时不在实验室，手头没有中文版的，就暂时用了英文版的说明书来做了讲解。大家可以对照着Zork翻译版来看，呵呵，不好意思）

您说高斯说明书没有说明您的问题，那小卒我就请您看看，高斯说明书是否真的像您所谓的那样，没有对您的问题进行说明？

Quote:

你的第一个问题是：

在g09的用户手册和例子中经常看到是一个简单的分子（比如水、乙烷等）优化构型，接着计算单点能什么的。我的问题是：这两步计算是共用一个分子说明部分，还是第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分？

好了我们先看看高斯说明书中关于link1的解释。在它的解释中，说明书中举得例子如下

Quote:

%Chk=freq

# HF/6-31G(d) Freq

Frequencies at STP

Molecule specification

--Link1--

%Chk=freq

%NoSave

# HF/6-31G(d) Geom=Check

Guess=Read

Freq=(ReadFC,ReadIsotopes)

Frequencies at 300 K

charge and spin

300.0 2.0

Isotope specifications

然后我们就要研究一下这个例子

在第二个任务的命令行中，有两个关键字Geom=Check Guess=Read。那么，我们来看一下这两个关键字代表什么

在高斯说明书中

guess关键字的read参数的解释如下

Requests that the initial guess

be read from the checkpoint file

(Guess=Read is often specified

along with Geom=Checkpoint).

This option may be combined with

Alter, in which case the

orbitals are read from the

checkpoint file, projected onto

the current basis set, and then

the specified alterations are

made. Checkpoint is a synonym

for Read. The TCheck option says

to attempt to read a guess from

the checkpoint file, but to

generate a new one if necessary.

geom关键字的check参数的解释如下：

Checkpoint（这个参数是check的全称）

Causes the molecule

specification (including

variables) to be taken from the

checkpoint file. Only the

charge and multiplicity are

read from the input stream. For

example, Geom=Checkpoint may be

used by a later job step to

retrieve the geometry optimized

during an earlier job step from

the checkpoint file. This

action is safe since Gaussian

will abort the job if an

optimization fails, and

consequently subsequent job

steps which expect to use the

optimized geometry will not be

executed. May be combined with

the ModRedundant option if you

want to retrieve and alter the

molecule specification in a

checkpoint file using redundant

internal coordinate-style

modifications.

好了，到此为止，高斯说明书已经对您的第一个问题做出了明确回答：既不是“这两步计算是共用一个分子说明部分”，也不是“第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分”，而是在第二部计算的时候，从第一步计算得到的chk文件中读取分子构型。

Quote:

您的第二个问题是：

如果我想将第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分，第二步计算结果作为第三步的分子说明部分，第三步计算结果作为第四步计算的分子说明部分，并且每一步计算中的电荷数和自旋多重度要自己定义，每一步的计算结果都要写在输出文件中（也就是.log中）以方便最后使用gview查看结果，命令行应该如何写？

我们再来看看高斯说明书是否明确回答了这个问题：

仍然是参看geom关键字的check参数的解释。从这个解释中我们可以很容易的读出它的含义，只要使用了这个参数，那么每一次计算得到的chk文件都会被下一部计算所读取。那么您仍然按照高斯说明书中对link1举的例子，来写您的多步计算任务不就成了？难道还有别的疑问吗？

你所谓的规定不同的自旋多重度，也在高斯说明书中有明确定义。

geom关键字的checkpoint参数的解释中有很明确的一句话Only the

charge and multiplicity are

read from the input stream.在allcheck这个参数中也有很明确的一句话Causes the molecule

specification (including

variables), the charge and

multiplicity, and the title

section to be taken from the

checkpoint file.

这样，答案已经很明确了。如果您使用的是check参数，那么电荷和自旋多重度，高斯请您自己输入。如果您使用allcheck参数，那么电荷和自旋多重度，高斯从上一步计算任务中读取。您看，还有比说明书更明确的回答吗？

Quote:

您的第三个问题：

听人说g09不稳定，这种连续计算要是中间某一步出错，整个计算就会终止，如何避免？

我还是从说明书的解释中来直接回答您的问题：

在高斯说明书中关于菜单Process

Preferences的End Batch Run on

Error这个选项的解释如下：

End Batch Run on Error: Toggles

whether to halt batch

processing when an error

occurs, or to skip to the next

job in the batch and keep going.

(Default ON). Note: If this

feature is active and an error

occurs while processing a

batch, the batch start entry

value is set to the file that

caused the error.

看完这句话，我还用多说什么？您的问题并不是高斯是否稳定的问题，而是您de参数的问题。为了解决您的问题，您把End Batch Run

on Error这个选项勾掉就行了。还有比高斯说明书更明确的解答吗？

Quote:

您最后还发了一通感慨：

希望大家能够耐心点给出命令行的写法及注意事项，不要一个--link1--命令行就了事，其实这里面有很多说道及注意事项的，用户手册和例子中也没有明确地说明，需要大家给出自己的使用心得与经验，谢谢大家！

现在您回答小卒我：您现在觉得高斯说明书没有明确给出您的问题答案吗？事实上，高斯说明书是一个非常全面的高斯指南。事无巨细，面面俱到！我们都是做科学的，没有调查就没有发言权。高斯说明书对某某问题的解答就白纸黑字地写在那里，您却说高斯说明书没有说某某问题，您是不是太武断了些？更让我感觉不解的是：您希望网友们“耐心点给出命令行的写法及注意事项”之前，是不是自己

应该耐心点读一读说明书呢？中国古语：“己所不欲勿施于人”，您自己不愿意耐心点读一读说明书，就不要怪罪网友们不愿意“耐心点给出命令行的写法及注意事项”了吧。

（4.9）理论化学和计算物理应该投什么杂志？

Quote:

括号内所写的IF均是2009年6月公布的影响因子

------------------------

综合类杂志：

纯量化当然可以发很高档次的综合性期刊上了，如JACS, Angew，ChemEurJ等，Nature和Science上关于纯量化的也有过。不过那必须是大牛，而且一定是实验人能看懂的。很多时候，理论工作被高档次综合性期刊拒稿，并不是理论工作做的不好，而是做的太专业以至于只能在小圈子里自娱自乐。

------------------------

大型专业杂志：

J. Chem. Phys.(简称JCP)【IF=3.1】

美国物理联合会老牌杂志，审稿人2-3个，从投稿审稿到出版系统完

善，速度快，业内评价高，是物化领域最朴实最归真口碑不说最好也是之一的杂志。很理论的杂志啊，一般都是量化的方法发在这上面，欧洲人特别喜欢往这上面头。要求很有新意，偏重方法的新意，审稿速度快。JCP侧重与新的化学物理思想 ，常规的量化计算不容易中（老板很牛的除外）。

J. Phys. Chem.(简称JPC)【A：IF=2.9；B：IF=4.2；C：IF=3.4】

美国化学会老牌杂志，审稿人2-3个，从投稿审稿到出版系统也很完善，速度适中，业内评价亦高。JPC分为4个子刊：JPCA、JPCB、JPCC和JPCL。JPCA一般量化的都可以投，对新意要求一般，偏重于应用。而JPCB中的量化涉及生物分子体系的基本上都是可以被采用的，不过这两个刊物都要求工作必须做得系统，得到系统性结论。JPCC比较要求新意。JPCL刚刚出炉，静观其变。ABCL四个子刊主要是侧重点不同，即使你投的B编辑也可能会内部调整转到A。

实际上JCP和JPC两本杂志，基本上把理论与计算化学的两个领域全包了。JCP偏物理，JPC偏化学。它们的影响因子并不是最高的，但是他们文章数量很大，胸怀宽广兼容并蓄，历史积淀很深，内容翔实可靠，实为物化领域两朵金花。只要是JCP和JPC的文章，都是拿得

出手的。

--------------------------

其他专业或非专业杂志

ChemPhysChem(简称CPC)【IF=3.6】

偏化学，一般物理材料内不投稿。果然不愧为2个c，因子在cp类可算最高呢，可是那个P貌似优点不大副实，算不上。审稿速度还可以35-40天有消息，不用推荐审稿人，审稿意见中两个审稿人，上面的文章都不错，对量化的要求是有很好的创新性。

PhysChemChemPhys(简称PCCP)【IF=4.1】

是几个欧洲物理学会老牌杂志的联合体，现由皇家化学学会打理。近年来影响因子飙升。不过一般教授都认为jcp jpc杂志因子虽低于pccp，但更看重前者。与cpc相比，有一个缺点就是限制图及文章字数。cpc放的比较开，没任何限制。不过PCCP越来越难中了，现在整的象JACS似的，据稿率会超过70%，最近接受的文章中国人的很少 投的可是大有人在。如果你觉得文章写的不错可以试一下，PERSPECTIVE的文章还要求要自己的照片，哈哈很光荣的。

e. Chem.(简称JCC)【IF=3.4】

这个今年影响因子大跌，以前可以

看到很多量化的文章，不过现在在分子模拟这一块似乎比较多。个人感觉偏重方法。JCC上有很多引用率超高的文章，但大部分是引用率超低的文章。

e.(简称JCTC)【IF=4.3】

ACS旗下的，偏重理论方法学的研究。如果你是纯理论的，就别投了，不对口。如果你是做纯计算的，也别投了，也不对口。理论和计算的桥梁，JCTC喜欢。

(简称JTCC)【IF=0.6】

全称Journal of Theoretical and

Computational Chemistry，不要和ACS的JCTC弄混了。海内外华人办的杂志，文章少，出版慢，两个月才一期。内容主要是分子力学、化学信息学，有点名不符实。

J. Chem. Inf. Model.【IF=3.6】

和JTCC内容类似，ACS刊物。

Theo. Chem. Acc.【IF=2.4】

总体质量一般，但偶有佳作。这个杂志的卷号是跨年的，所以我也搞不清一年出几期。大约3-4周1期，但一般是两期合订本。

Int. J. Quant. Chem.【IF=1.3】

大名鼎鼎的Slater创办的老牌刊物，不过现在沦落成了一本著名的

灌水杂志。内容类似于Theo. Chem.

Acc.。平均3-4周出一期。如果毕业后不打算从事科研工作，或者急于凑文章毕业，可以考虑这个刊物，但老在上面混，会伤人品的。

J. Mol. Struc.【IF=1.6】

J. Mol. Struc.和THEOCHEM共享卷号，因此两个期刊的卷号都是不连续的。J. Mol. Struc.接受实验，以及理论加实验的文章，名声比THEOCHEM好得多。

J. Mol. Struc. THEOCHEM【IF=1.2】

简称THEOCHEM。另一本著名的灌水杂志，如果毕业后不打算从事科研工作，或者急于凑文章毕业，可以考虑这个刊物，但老在上面混，会伤人品。不过也不能一棍子打死，有些思维怪异、人品高到一定级别的大牛，也往上面发表文章。他们已经不在乎这个了。

Mol. Phys.【IF=1.5】

分子物理领域的刊物。不收原子、周期体系的理论文章。半月刊。

Phys. Rev. A【IF=2.9】

每月1期，非常厚的一大本。几乎每期都有一两篇分子量子理论的文章，和JCP的理论板块类似。

Phys. Rev. B【IF=3.3】

每月4期，接收凝聚态第一性原理模拟的文章。能带理论方面的新方

法也经常在上面发表。

J. Phys. Cond. Matt.【IF=1.9】

从J. Phys. C卷改名而来，英国物理学会期刊。内容类似于Phys.

Rev. B。几乎一周一期。

J. Phys. B【IF=2.1】

英国物理学会期刊。发表原子、分子物理的内容，如分子结构、原子分子光谱、碰撞、辐射等。半月一期。

J. Phys. A【IF=1.5】

英国物理学会期刊。内容为纯数学方法，可能和emucher有关系的是Monte Carlo、Ewald，但一年不会有一两篇。几乎一周一期。

J. Comput. Phys.【IF=2.3】

内容和J. Phys. A类似，半月刊。这个杂志不要跟J. Chem. Phys.搞混了。他俩地位可不一样

Inorg. Chem.【IF=4.1】

ACS刊物，经常有理论计算，或者计算实验相结合的文章。如果是给实验工作者看的理论文章，倒是可以考虑它。不过理论文章不能太专业，一大堆公式人家是不收的。

Comput. Phys. Comm.【IF=2.1】

这个杂志上经常发表一些量化、凝聚态模拟方面的理论方法和源程序。

J. Mol. Graph. Mod.【IF=2.3】

发表的文章少，1个月才出一期，每期才100多页。内容比较传统，但是要求工作做得系统。

（4.10）

关于发文章的等级问题

Quote:

其实这一段，小卒的观点是有待商榷的。这一段也不是我自己的意见，而是许多人的意见的汇总。这些人，呵呵，其实跟你我一样，都是硕士生或博士生。同龄人献身说法，不知道对大家有没有借鉴意义。

（1）影响因子是研究生的命根子

我的导师曾经说：“不要光看影响因子，还要看它在本领域的地位。PCCP的IF虽然高于JPCA，但是它还不成气候”云云。还见到一位老先生说：“多看看杂志SCI论文收录数和总引用数，IF是次要的”

不过，咱们做学生的，奖学金标准，毕业标准，哪一个不是跟IF紧密相连的？什么时候我们成了博导教授，评上了院士或者长江学者等学术称号，我们才可以悠悠的说：“IF不能太看重……”

说“IF不能太看重”的人，有两种：要么自己水平有限不能发高IF文章；要么就是一大堆高IF文章

已经攥在手里了，站着说话不腰疼

其实投杂志就想买股票，你永远不知道明年它的IF的升降。

XX大学化学与化工学院学院（真名隐去）要求“单篇论文IF大于4”，或者“虽然没有IF大于4的论文，但是SCI总篇数大于或等于3”，才能允许毕业。几年前的一件趣闻：某人拥有2篇SCI论文，其中有一篇InorgChem。当年InorgChem的IF是3.9，学院里跟他较真儿，就说他，没达到毕业标准（其实按照毕业要求，也确实是刚好没达到）。该学生很郁闷，只好延期。结果当年7月份，新IF出炉，InorgChem超过4了，他一蹦多高，立刻联系毕业，随即，8月份，答辩，毕业，走人！完美注解了这个成语“柳暗花明又一村”

听说有些老怪物（本领域的大牛级人物，属于高级杂志随便灌的那种级别的）喜欢把自己的文章投给低杂志。投完了还会加一句：“看什么看，我就愿意，怎么着吧？”但是身为无名小辈，我们绝不能这样做，我们必须能投多高投多高。

牛人投牛杂志，那是理所应当，水平高嘛，受人景仰；牛人投破杂志，那是给这个杂志面子，更显示了牛人宅心仁厚，颇具爱心嘛，还是受人景仰。

无名小辈投高杂志，牛人会说“这小子还行！”如果无名小辈发了一大堆低杂志，不用牛人评价您了，光同学就能鄙视死你。

（2）关于二级杂志和一级杂志（这是另一个身为在读研究生的小牛跟我说的，让小卒佩服的五体投地）

如果你看到一个人的履历上写有这种字样：“在读期间，发表.2篇，发表.2篇，发表em3篇、中国科学B一篇……”，你说大牛们看见这份简历，会怎么说呢？他们一定会说：“这家伙挺勤奋的，但是没有什么大的前途，就是个二级水平罢了……啊？居然还有em这种三流杂志？……等等，还有中国科学B这种末流杂志？不要！不要！”

但是，只要能在这份履历中增加这个字样：“发表JACS一篇”或者“发表Angew一篇”，或者“发表ChemEurJ二篇”，这时候，大牛们看见这份简历，会怎么说呢？口气彻底变了：“这小子还不笨！研究水平达到了一流水准，证明他的能力还不错；而且二级杂志也不少，证明他的研究领域宽泛，这小子的知识面还挺广的，孺子可教也……感觉这小子还挺有钻研劲的，从中国科学B这种末流杂志起步，一路研究，最后发到了JACS这种一流杂志，不错不错……”

你看，只要有一两个一级杂志领衔，你所发的所有二级杂志立刻就会被重新估价。

所以，作为在读硕博，我们必须追高杂志，追高IF……路漫漫其修远兮，吾将上下而求索。

我这样说其实很功利。真正投身于科研事业的人，请您不要理睬。