常用的生物信息学软件的介绍和文献依据

名称 简介

参考备文献 注

一个产生出版质量比对的“所见即所得”ALINE

蛋白质-序列比对编辑器

用于自动微阵列数据分析的一个R包

访问本体论和注释数据

基因组注释绘图库，基因组特征可视化

代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示

下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化

将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中

用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程

双色cDNA微阵列质控和预处理

用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件

生物化学算法库

用于分子建模研究和教育的一个工具

AMDA

AmiGO

AnnotationSketch

Arcadia

ArchTEx

ArrayExpress

ArrayExpressHTS

arrayMagic

arrayQCplot

BALL

BALLView

BamTools

分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包

批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序

Batch Blast

Extractor

BayesPeak

分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别

比较基因组特征的一套灵活的实用程序，

BEDTools 支持BED，BAM，

GFF格式文件

结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序

一个下一代测序数据质量评估程序包

一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件

用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++库

一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言

BEST

BIGpre

BiNGO

Bio++

BioCoder

BioJava Java语言编写的一个生物信息学开源框架

生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据

biomaRt 分析

（bioconductor）间的强力连接

Biopython

适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具

BioRuby

BioWarehouse

适用于Ruby编程语言的生物信息学软件

一个生物信息学数据仓库整合工具包

为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版

python编写的一个结构生物信息学软件平台（库）

一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件

birgHPC

Biskit

BisoGenet

BlastR 非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索

比对短DNA序列片段到大型基因组上的

Bowtie 一个超快、

内存高效的程序

Bpipe

BRAT

一个运行和管理生物信息学流程的工具

重亚硫酸盐处理的片段分析工具

重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对

一个Python编写的脉冲神经网络模拟器

全基因组重亚硫酸盐测序比对程序

BRAT-BW

Brian

BSMAP

BugView 用于比较基因组的一个浏览器，Java编写

在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵

Caryoscope 列数据的一个

开源Java应用程序

顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释

网络中心性的综合分析和探索

一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件

一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R框架

从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰

CEAS

CentiLib

Cerebral

ChemmineR

ChIPDiff 位点的全基因组识别

的一种HMM方法

ChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘

一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包

核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析

用于微阵列和其他高通量数据的用户友好

ChIPMunk

ChIPpeakAnno

ChIPseqR

Chipster

的分析软件

一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统

聚类树可视化与解释

一个生物本体论编辑器

一个网络浏览和可视化Java小程序

使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响

一个识别ChIP-seq数据中转录因子和共调控motif的混合框架

评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染

RasMol到PyMOL的脚本转换器

CisGenome

ClutrFree

COBrA

Cobweb

ComBat

coMOTIF

ContEst

Conscript

CoXpress

基因表达数据中的差异共表达分析（R包）

使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜Cytoscape ESP 索复杂生物

网络的Cytoscape插件

Cytoscape Web 一个交互式基于网络的网络浏览器

一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具

DAnTE

DBChIP

Dendroscope

用ChIP-seq检测转录因子的差异结合

一个交互式大型系统发生树查看器

基于一套混合模型的差异ChIP-seq结合位点识别R包

一个系统发生计算Python库

一个在生物网络中可视化和分析小分子药物的Cytoscape插件

FASTQ格式中DNA序列片段的压缩

一个适用于下一代测序技术的基因组装配查看器

在基因列表中识别生物学主题，用于基因列表的快速生物学解释

基因组比较可视化，创建多个基因组位点的线性比较图形

欧洲分子生物学序列分析开放软件套件

DIME

DendroPy

DrugViz

dsrc

EagleView

EASE

Easyfig

EMBOSS

EnzymeTracker

一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统

一个促进高通量测序分析的基于云计算的框架

用于生物大分子结构和几何分析的高效PDB剖析器和数据结构

Eoulsan

ESBTL

一个整合的基因表达数据分析软件平台，Expander 支持微阵列数据

分析的所有阶段

一个分析RNA-Seq和微阵列基因表达数据的基于网络的框架

用标签和按钮简化PyMOL中分子查看

扫描一个给定motif的出现

图示的基因型可视化

一个可视化流式细胞仪数据的Bioconductor包

使用Java 3D进行快速蛋白质可视化

一个探索转录相互作用的整合工具

一个云端RNA-Seq分析工具

协作的数据分析

编辑数十亿的片段序列装配

一个高速的GenBank平面文件解析器库

一个保存网络收集的数据到一个MySQL数据库中的多功能PHP脚本

第一个允许用户收集和管理有关基因/ESTs的多媒体生物

ExpressionPlot

EZ-Viz

FIMO

Flapjack

flowViz

FPV

FunNet

FX

GaggleBridge

Gap5

GBParsy

Generic HTML

Form Processor

GeneNotes

信息的应用程序

GeneTrack

GeneTUKit

GeneXplorer

一个基因组数据处理和可视化框架

一个文档水平基因标准化软件

微阵列数据的可视化和分析

使用动态导航和语义缩放动态地浏览高容量的比对短片段数据

可视化微生物基因组

基因组可视化和分析

一个高度用户友好、易于操作的SAM/BAM查看器和比对器工具

一个多用途基因组分析器和浏览器，识别各种微阵列和测序数据格式

基因表达综合数据库（GEO）和

BioConductor间的一个桥梁

一个跨平台的处理数字图像的免费、开源软件

基于对照数据的随机采样计算一个倍数变GLITR 化以从ChIP-Seq

数据中提取转录因子靶点

访问基因本体论信息并找到与一列基因相关的显著富集的基因本体论术语

GenomeView

GenomeViz

Genomorama

GenoViewer

GenPlay

GEOquery

GIMP

GO::TermFinder

GoBean

一个GO术语富集可视化探索Java GUI应用程序

一个GO图形展示和分析Python库

一个带有基于本体论的布局和着色的Cytoscape网络可视化插件

使得能够在R中进行GPU计算的一个包

GOGrapher

GOlorize

gputools

graph2tab

GReEn

一个转换实验流程图为表格格式的程序库

一个基因组重测序数据高效压缩工具

一个模拟原核生物中转录因子结合的计算工具

基因集合富集分析：一种解释全基因表达谱的基于知识的方法

用希尔伯特曲线来可视化基因组数据

一个浏览器扩展，增强了生命科学文献的

GRiP

GSEA

HilbertVis

i-cite 导航，及链接术语到

相应的非文本数据

整合基因组浏览器：用于基因组规模数据集的发布、探索、可视化

一个蛋白质序列预处理R程序包

一个访问HapMap计划数据集的Python

API

IGB

Interpol

interPopula

IntervalStats

ChIP-seq数据集相似性的一个有效统计评估

用基因型谱方法分析基因片段的组合模

IVEE 式，检测甲型流感

病毒的传播和重组事件

J-Express

Jalview

Java Treeview

使用Java来探索基因表达数据

Java多重序列比对编辑器

微阵列数据可视化，树状图查看

下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释

一个聚类和可视化工具箱

生物学测量值可视化，绘制热图，颜色网格等

JBrowse

jClust

JColorGrid

Jetset

JSBML

jSquid

挑选最佳的微阵列探针集来代表一个基因

一个处理SBML的灵活Java库

一个图形化在线网络浏览Java小程序

一个RNA二级结构可视化Java工具

一种用R和bioconductor绘制KEGG

PATHWAY的图形方法

可视化并转变KEGG PATHWAY数据库为

KEGGgraph

KEGGtranslator

各种格式

KGML-ED KEGG通路图的动态浏览和编辑

检测、聚类和注释非编码RNAs的一个平台

一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面

带有空位的蛋白质logos柱状图可视化

基于模型的ChIP-Seq峰识别软件

整合的微阵列数据分析工具，开源，多平台

一个鲁棒的ChIP-Seq数据集定量比较模型

台式机上的短序列比对可视化软件（大规模并行测序）

一个微阵列数据分析工作台

一个医学留言板帖子信息提取程序包

一个MeDIP-seq数据质量评估和分析流程

一个基于阵列的DNA甲基化数据分析的图形用户界面程序包

LeARN

limmaGUI

LogoBar

MACS

MAGIC Tool

MAnorm

MapView

Mayday

medpie

MeQA

MethLAB

Methyl-Analyzer

一个分析全基因组DNA甲基化数据的Python包

一个微阵列数据软聚类软件包

小RNA片段的快速比对

分析高通量测序数据以绘制microRNA表达谱

一种分析植物中microRNA转录组的计算工具

一个植物小RNAs深度测序分析工具

一个microRNA深度测序分析软件

用于基因组浏览和DNA motif分析的多功能软件

微阵列异常值过滤R函数以辅助不成功阵列的识别

获得有生物学意义的复杂网络

一个从文本中提取点突变提及的高性能系统

一个下一代测序数据质量控制工具包

一个开源、可扩展的下一代测序数据编辑器

Mfuzz

MicroRazerS

miRExpress

miRDeep-P

miRDeepFinder

miRNAkey

MochiView

MOF

Mosaic

MutationFinder

NGS QC Toolkit

NGSView

NLProt 从论文中提取蛋白质名字和序列

用户可定制的NimbleGen微阵列数据处理流程

用人类中的表观标记，从ChIP-Seq中识别定位的核小体

NimbleGen嵌合阵列ChIP-chip数据分析

一个网络本体论语言中开放生物医学本体论编辑器

灵活的、模型驱动的实验生物学数据（图像）管理

一个开源的MATLAB到Python编译器

一个C++编写的灵活的计算结构生物学软件框架，带有Python接口

一个复杂相互作用网络可视化和操作软件平台

用于结构生物信息学的Python模块

注释和开发通路资源的开源软件

在不同水平上存储、查询、可视化和分析代谢通路的系统

快速比对短序列到大型数据库上

NMPP

NPS

NTAP

OBO Explorer

OMERO

OMPC

OpenStructure

Osprey

p3d

PathBuilder

PathCase

PatMaN

PaVESy 生物通路编辑和可视化数据管理系统

一个用户友好的、带有图形用户界面的基于Java的PDB文件编辑器

一个可在云计算上运行的ChIP-seq峰识别器

一个使用物种树（species trees）进行系统发生分析的R包

一个处理下一代测序研究中基因组位置文件的桌面环境

Illumina G1基因组分析器数据质量评估流程

一个可视化PRIDE XML文件的新的用户友好的界面

包含假结的RNA二级结构的快速预测

一个Python编写的心理物理学软件

一个基于内容过滤的PubMed文章推荐系统

一个操作基因组数据集和注释的灵活Python库

多变量分析Python包

质谱数据高通量生物信息学Python模块

PDB Editor

PeakRanger

Phybase

PileLineGUI

PIQA

PRIDEViewer

ProbKnot

PsychoPy

PURE

Pybedtools

PYCHEM

pymzML

pySolo 一款完整的果蝇睡眠分析套件

ChIP-Seq转录因子结合位点的全基因组分析

一个分析罗氏454测序数据的R/Bioconductor包

扩展RMA算法，消除因数据集变化而探针集信号变化的影响

一个适用于R脚本的通用GUI框架

一个预测转录因子活性和靶点的R包

将本体论注释嵌入到电子表格中

一个分析ChIP-chip数据的R/Bioconductor包

高通量测序数据集中非人类序列的快速识别

一个分析ChIP-chip试验的R/Bioconductor包

RNA-seq质量控制和过程优化度量

RNA二级结构突变分析工具

一个RNA-RNA相互作用快速搜索工具

一个基于R的表达微阵列定量评估和分析

QuEST

R453Plus1Toolbox

RefPlus

RGG

rHVDM

RightField

Ringo

RINS

rMAT

RNA-SeQC

RNAmute

RNAplex

Robin

的直观安装向导应用程序

使用Python方便地调用Bioconductorrpy2 处理注释数据，

微阵列数据和下一代测序数据

RseqFlow

Ruffus

S-MART

RNA-Seq数据分析流程

一个轻量级的计算流程绘制Python库

一个辅助RNA-seq数据分析软件工具箱

下一代测序比对SAM文件结果统计，监测下一代测序数据中的偏差

处理序列比对结果SAM格式的软件

将SBML文件转换为人类可读的报告

重亚硫酸盐处理的测序数据的快速且敏感的比对

从序列到结构显示、操作和互相连接RNA数据

用Java进行图形化序列特征展示

一个对高通量测序数据进行输入，质量评估和浏览的Bioconductor包

一种识别来自组蛋白修饰ChIP-Seq数据富集区域的聚类方法

SAMStat

SAMtools

SBML2LaTeX

segemehl

Sequence to

Structure

Sfixem

ShortRead

SICER

sigterms

链接基因表达谱结果和microRNA靶点预测公共数据库

快速且敏感的通用k-mer搜索工具

短寡核苷酸比对程序

一个改进的超快的短片段比对工具（SOAP

Simrank

SOAP

SOAP2 改进版），更快，

更少内存使用

SOAP3 超快的基于GPU的短片段并行比对工具

在基因调控网络中进行热点（差异表达子网络）表达的可视化探索

Illumina测序片段的敏感且快速比对

浏览系统发生树和进化枝的交互式可视化软件

一个短时间序列基因表达数据分析工具

快速且准确的局部比对

序列变异分析器：注释和可视化测序的人类基因组

基于形状的ChIP-Seq峰识别

一个适用于DNA的模式匹配软件

从通用TAB分割的文件中快速检索序列特

SpotXplore

Stampy

STE

STEM

STELLAR

SVA

T-PIC

tacg

Tabix

征

Tablet 下一代序列装配可视化工具

基于MySQL的应用工具，查看、过滤和TabSQL 查询多行数据文件，

并连接到公共数据库

TileQC

TileShuffle

TimeClust

基于tile的Solexa数据质控系统

嵌合阵列数据中差异表达片段的检测

一个基因表达时间序列分析聚类工具

高效比较和可视化来自微阵列实验的多个时间数据集（MATLAB)

整合12种motif发现程序为一体的motif发现工具箱

一个查看和分析系统发生树的应用程序

进化树的可视化分析

查询UMLS（统一医学语言系统）的一个perl模块

一个协助分子生物学家管理、分析和可视Unipro UGENE 化数据的统一

生物信息学工具包

一个洗牌生物序列而保留k-let计数的有用工具

TimeView

Tmod

TreeViewJ

Treevolution

UMLS-Query

uShuffle

VANTED

一个在生物学网络背景中进行高级数据分析和可视化的系统

RNA二级结构的交互式绘制和编辑

一个高度可定制的文氏图和欧拉图生成R包

操作de Bruijn图进行从头短序列基因组装配

广义的文氏图，一种可视化复杂遗传集合关系的新方法

蛋白质序列-结构比对精化工具

一个创建网络可视化语义概要的Cytoscape插件

一个混合多元数据观察和解释的交互式绘图工具

一个非常快速的BLAST解析器库

ZFIQ（斑马鱼影像定量器）：一个斑马鱼生物学软件包

快速比对大量短片段到参考基因组

VARNA

VennDiagram

Velvet

VennMaster

ViTO

WordCloud

XYLab

Zerg

ZFIQ

ZOOM