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上次写了在linux环境下从ncbi下载sra文件,这次因为ncbi的这个网站找不到ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR

造成我在linux环境下不能使用aspera下载,只好在Windows下,下载了再上传到linux服务器。

一、工具下载

1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi,到这个界面根据系统下载你需要的sratoolkit,我是Windows 64位,于是就是下载倒数第二个。

2.下载后解压 

把下载的sratoolkit解压,解压到自己需要的盘,我解压到D盘,文件夹名就是工具名

3.配置系统环境变量

快捷键win+R,输入sysdm.cpl,打开配置path,点击环境变量,再点击系统变量的path,点击新建,把你存放sratoolkit的路径复制黏贴加上去,最后点击确定。

 4.运行cmd看sratoolkit是否可以使用

同样快捷键win+R,输入cmd打开命令行,输入cd d:,进入d盘,再cd 文件名,进入存放sratoolkit的目录

 

接着输入bin\prefetch.exe -h,可以查看prefetch是否正常运行,我一开始是报错的,它显示我要配置,没有图片保存就用文字描述,报三行代码,那我就根据这个输入vdb-config --interactive,出现配置界面,但是这个界面我好想没有改动什么,反正我按了s,再按x就退出了,再运行bin\prefetch.exe -h,显示帮助信息,就是安装成功。

This sra toolkit installation has not been configured.
Before continuing, please run: vdb-config --interactive
For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/

二、数据下载

1.从ncbi的sra数据库搜索想要的序列号,我是找双胞胎抑郁症,搜索出结果选择序列号下载

下载后会生成一个SRR_Acc_List.txt文件,里面都是序列号。

2.使用prefetch下载.sra,可以批量下载,也可以单独下载

单独下载:

prefetch 序列号

批量下载,输入,bin\prefetch.exe --option-file 序列号文件的存放路径

bin\prefetch.exe --option-file C:\Users\10166\Downloads\SRR_Acc_List.txt

得到如下的结果

待更新中

2020.9.15分割线

我在linux服务器上面查看我本地的文件是否上传到服务器,果然出现一个问题,我的一个SRR1135059.sra没有上传成功,用的是filezilla上传的,SRR1135058.sra就上传成功了,疑惑中

参考文章:https://www.jianshu/p/c2a79a439890

http://www.mamicode/info-detail-3043861.html

https://blog.csdn/Cassiel60/article/details/88738510/

本文标签: 工具 数据 系统 Windows sratoolkit