AutoDock Vina 全套软件安装教程（Linux）

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众所周知Vina官方的话是不能相信的：

“Vina是一款非常方便的软件！只需要一行命令！”

废话！你只能进行对接这一步操作，对接之前的配体受体准备、口袋计算和之后的数据处理都不能做！

所以说为了使用Vina，我们还需要安装准备配体的、准备受体的、计算口袋的、数据处理的等等等等工具。我相信这也是绝大多数新手入门Linux虚拟筛选的时候最崩溃的时刻：

表面上看上去只需要装一个软件，实际上为了运行/安装这个软件还得安无数个别的软件！而且大佬们的教程里常常没有提及，因为佬们觉得太简单，通常默认读者们会了……（其实并不会……）

本教程安装的软件包括：

1.AutoDock Vina——用于对接

2.ADFR suite——用于配体及受体处理、对接盒子计算

3.LePro——紧急补强ADFR对接盒子出错

4.Visual Studio Code——Win下代码查看及对接结果可视化查看

5.PyMOL——对接结果可视化查看

好的那我们闲话少叙，立刻开始！

特别提醒：笔者强烈建议将本文通读一遍之后再进行操作，千万别看一条操作一条！

1 安装Vina

1.1 sudo安装

第一个方法，也是最简单的办法。如果你用的是Ubuntu，可以直接使用以下命令安装：

sudo apt install autodock-vina

这个命令需要输入根目录密码。输入密码的过程中光标不会移动，但你的确有在输入。正确输入后直接敲回车就行。当然，如果你使用的是超算这类你没有根目录密码的场合，就需要下一个安装方案了。

1.2 conda安装

第二个方法，同样非常简单，但要稍微留心。使用conda安装，这是Linux非常常用的软件安装办法。但如果你的电脑已经有过环境配置（比如安装了某某编译器），安装conda的时候很可能把原来已经配置好的环境给污染掉。在这方面最常出问题的应当是python解释器指向，如果你的conda突然不能用，极有可能是python指向到别的版本去了。

关于conda的安装可以参考这篇文章：conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）https://www.jianshu/p/edaa744ea47d

首先创建conda的vina虚环境：

conda create -n vina

然后打开vina虚环境：

conda activate vina

无论什么时候都要注意conda虚环境！在使用conda安装一款软件之前一定要先创建并打开它的虚环境，然后才能开始安装！不然极有可能翻车！！！（笔者血泪）python解释器指向一旦出错，很多东西都难以运行，更改解释器指向又很麻烦，所以特别强调先创建、打开虚环境！

conda install -c conda-forge vina

这行命令安装的是Vina 1.2.3，也就是目前最新版本的Vina。conda的安装包和安装命令时常更改，准备安装的伙伴们建议先在Anaconda官网查一下当前conda中那个软件的安装命令。

用这个方法安装完后，每次打开时输入conda activate vina打开Vina虚环境，就可以直接用vina命令运行vina了。运行结束后，输入

conda deactivate

关闭虚环境。

1.3 官方下载

从Vina1.2开始官方就在Github上更新软件包了：

Releases · ccsb-scripps/AutoDock-Vina · GitHubAutoDock Vina. Contribute to ccsb-scripps/AutoDock-Vina development by creating an account on GitHub.https://github/ccsb-scripps/AutoDock-Vina/releases

千万别看别人说什么只要把预编译版本的Vina下载下来就可以用了呀，我告诉你，这是纯纯忽悠人！当然Linux预编译版的Vina的确下载即用，但你仍然需要下载源码包，即便不亲手编译！因为源码包里含有大量脚本和案例，而且是在之后可能用得上的东西（具体用不用得上看你怎么选择，Linux操作就是条条大路通罗马，看你想走哪条路，这也是我在文章一开始就说建议通读之后再开始操作的原因，这样你可以根据自己的实际需求选择方案）

如果你下载的是.tar.gz就用tar -xzf解压

tar -xzf AutoDock-Vina-1.2.3.tar.gz

如果你下载的是zip就用unzip解压

unzip AutoDock-Vina-1.2.3.zip

不过，下载的预编译版本的vina是不能直接用vina命令运行的。你得先赋权，然后才能运行：

chmod 777 vina_1.2.3_linux_x86_64
./vina_1.2.3_linux_x86_64

这便是赋权与运行。但是你会发现，即便赋权了也还是不能用vina命令直接使用。所以如果你想方便快捷地输入vina直接运行程序，还得把它加入你的用户bin目录：

sudo mv vina_1.2.3_linux_x86_64 /usr/bin/vina
sudo chmod +x /usr/bin/vina

这样才算完。所以你说这个方法它简单吧，也不是那么简单。

2 安装ADFR

2.1 conda安装

你看，conda又出现了。所以说安装conda一时累，安装完了一直爽。结论：建议安装。

同样的，先退出到base环境，然后创建ADFR虚环境，打开，再安装：

conda deactivate
conda create -n adfr
conda activate adfr
conda install -c hcc adfr-suite

千万不能把ADFR直接安装在base环境下！！！ADFR是基于python2.7的，一旦你把它安装在base环境里，你的python解释器指向会全部乱套！！！到时候想要从base环境剥离非常困难，要么就是直接把conda删了重装，要么就是想办法改变python解释器指向！我再强调一遍，包括conda在内的其他大多数软件都靠python3运行，但ADFR依靠python2.7！一旦解释器指向出错，包括conda自身在内的所有需要python3的软件全都不能运行！

ADFR包含的脚本特别多，是使用Vina必备的工具。以前的安装教程还会推荐你装meeko，但现在conda上已经没有meeko的安装包了。那时候装meeko其实也就是为了准备配体，ADFR里面就有自带的配体准备命令，所以不妨事（虽然meeko的配体准备和ADFR自带的性能确实不一样）。至于如果你需要进行水合对接/大环对接之类进阶操作，那么还是建议你去单独下载一个meeko。

2.2 官网下载安装

ADFR包的下载地址：

Downloads – ADFRhttps://ccsb.scripps.edu/adfr/downloads/

别用wget直接上这条啊，点进去看一下两种安装方案。

我个人比较推荐installer app，因为需要的命令行少。上面那部分是ADFR1.0，点击installer app就会直接下载。下载链接：

ADFRsuite_Linux-x86_64_1.0_installhttps://ccsb.scripps.edu/adfr/download/1028/

下载好后把文件移入你的路径即可。然后用以下命令安装：

chmod a+x ADFRsuite_Linux-x86_64_1.0_install
./ADFRsuite_Linux-x86_64_1.0_install

这样就会运行安装程序了。安装完成后，手动将目录下myFolder/bin目录添加至环境变量：

PATH="$PATH":/你的路径/ADFRsuite_x86_64Linux_1.0/myFolder/bin

使用这种方法添加环境变量，是临时的，也就是说你每重新打开一次终端就要用一次这行命令，才可以开始用ADFR。我强烈不建议使用永久环境变量，原因和conda安装部分说的一样，ADFR需要python2.7，如果硬把环境变量直接加入，很可能引起错误。如果是添加临时环境变量，即使出错了只要把终端关掉重启一遍，错误的python指向也就不会继续。

如果你把ADFR的页面往下拉，会看到ADFR1.1的安装包，但点进去链接是sourceforge的，我打不开（我没有科学上网）。可以科学上网的可以试一试，顺便sourceforge是一个非常棒的Linux开源软件站，包括pymol开源版在内的很多软件的开源版本都可以在这上面找到。

3 安装LePro

怎么突然要安装这个？其实是为了以备不时之需。安装完上面的所有工具后，就可以利用autogrid4自动生成对接所需的map文件，在vina的参数里直接使用。但是，笔者在超算平台实际应用当中发现出了问题。如果你们也遇到这种情况，map文件明明生成了却使用不了，别慌，赶紧用LePro来救一下场。

LePro的安装方法参考我之前的博客：

LeDock系列软件安装方法（Linux）https://blog.csdn/m0_67843839/article/details/126775115?spm=1001.2014.3001.5501

也可以安装Win版本的LeDock，里面有集成的LePro。

Download | Computational Insights into Drug DiscoveryComputational Insights into Drug Discoveryhttp://www.lephar/download.htm

4 在你常用的win系统下安装Visual Studio Code

使用AutoDock系列软件对接你一定是需要打开代码来看的。Linux下查看代码很简单，但Win下你就需要一个专业的工具了，VScode就是个好选择。而且我在之前的视频里提到过VScode有一个神奇的小插件Protein Viewer，可以直接让你可视化查看pdb、pdbqt等格式的结构！

Visual Studio Code - Code Editing. RedefinedVisual Studio Code is a code editor redefined and optimized for building and debugging modern web and cloud applications.  Visual Studio Code is free and available on your favorite platform - Linux, macOS, and Windows.https://code.visualstudio/

直接在官网下载就可以了，安装也很简单，win软件就是安装包点一点完事。

打开之后在窗口最左边那一列找到扩展就可以安装扩展插件了

Chinese (Simplified) （简体中文）

Protein Viewer

点安装就可以了，超简单

5 安装Pymol

5.1 官网下载pymol安装

直接在pymol官网找到安装包：

PyMOL | pymolhttps://pymol/2/

win版本安装包下载好正常安装就可以

Linux安装包下载好后用这行命令解压：

tar -xjf PyMOL-2.5.4_404-Linux-x86_64-py37.tar.bz2

需要注意的是用这个方法安装的pymol是试用版，你可以去官网申请免费教育版：

Registration For Educational-Use-Only PyMOL Buildshttps://pymol/edu/

5.2 conda安装pymol正式/试用/教育版

我们可爱的conda又出现了。所以说，conda真的是个神器，要装啥先上去看看conda有没有相关软件包就行了，安装过程全自动，完全不需要手动构建开发环境、手动编译，真正实现了小白操作懒人福音救人于水火之中……哦不扯远了。

Anaconda也可以在Win下安装，不过具体能利用conda在win下装什么软件还得看对应的软件有没有win版本软件包。很幸运的是，pymol有。

Win版本的Anaconda可以直接从官网下载，安装过程同所有普通Win软件安装一样，点一点就可以了。

Anaconda | The World's Most Popular Data Science Platform

安装完之后，右键图标以管理员身份启动Anaconda，直接在可视化窗口下面找到create创建虚环境，输入虚环境名称之后确认，conda就会自动创建虚环境了，和Linux上一样。然后创建的虚环境后面会有一个类似“播放”按钮的图标，点一下，选Open terminal打开终端，然后就能和Linux下一样操作（也就是输入一行之后坐等自动安装）了！

下面这四行命令随便选一行输入就可以：

conda install -c schrodinger pymol

conda install -c "schrodinger/label/alpha" pymol

conda install -c "schrodinger/label/archive" pymol

conda install -c "schrodinger/label/pending" pymol

安装好之后，直接在这个终端里输入pymol，敲一下回车，等个几秒钟pymol就会打开了。

Linux也可以用上面这四行命令的其中一行安装pymol，一定记得先创建虚环境、打开虚环境再安装就可以了。

你可能会说，这个安装方法和直接用官方win版本安装包有什么区别？这不是反而更麻烦了吗？所以接下来我就要详细展开说我为什么要提到conda安装pymol了！

5.3 conda安装pymol开源版

如果你不想/不能申请到pymol教育版，那么pymol试用版仅有30天期限。不建议各位使用破解版，有开源为什么不用，非要去做侵犯知识产权的事情呢？

要知道如果没有conda，安装pymol开源版是需要自己从源码编译软件的！编译过程非常复杂，需要下载安装各种各样的库（本文最后有写），光是构建环境就得搞半天（还不一定能搞成）。而且这还是在Liunx下就已经这么复杂了，win下你想编译？算了吧！

conda创建虚环境并打开，然后使用以下命令：

conda install -c conda-forge pymol-open-source

就可以全自动安装开源pymol了！而且不论你是Linux还是win系统都可以用这个方法安装，安装完成后直接在终端输pymol敲回车等几秒，搞定！

5.4 pymol开源版源码编译

有两个方法可以获取源码包：Sourceforge或者Github

GitHub - schrodinger/pymol-open-source: Open-source foundation of the user-sponsored PyMOL molecular visualization system.

PyMOL Molecular Graphics System download | SourceForge

然后给你们看一下官方写的安⭐装⭐方⭐法：

​
REQUIREMENTS

    - C++11 compiler (e.g. gcc 4.7+)

    - Python 3.6+

    - Pmw (Python Megawidgets) (optional, for legacy GUI/plugins)

      GitHub - schrodinger/pmw-patched: Fork of Python megawidgets with essential patches applied

    - OpenGL

    - GLEW

    - GLUT (freeglut) (optional, enable with --glut)

    - libpng

    - freetype

    - libxml2 (optional, for COLLADA export, disable with --no-libxml)

    - msgpack-c 2.1.5+ (optional, for fast MMTF loading and export,

        disable with --use-msgpackc=no)

    - mmtf-cpp (for fast MMTF export, disable with --use-msgpackc=no)

    - PyQt5, PyQt4, PySide2 or PySide (optional, will fall back to Tk

        interface if compiled with --glut)

    - glm

    - catch2 (optional, enable with --testing)

    - openvr 1.0.x (optional, enable with --openvr)

    - libnetcdf (optional, disable with --no-vmd-plugins)

SETUP OPTIONS

    python setup.py --help

    python setup.py --help-distutils

    python setup.py --help-distutils install

    Special install options:

      --pymol-path=       installation directory for PyMOL data ($PYMOL_PATH)

      --no-launcher       skip installation of the pymol launcher

    Environment variables:

      PREFIX_PATH   Colon-delimited list of paths to search for headers and

                    libraries, e.g. $HOME/mmtf-cpp:$HOME/msgpack-c:/opt/local

      CXX           C++ compiler command

      CC            C compiler command

      CXXFLAGS      C++ compiler flags

      CFLAGS        C compiler and linker flags

      CPPFLAGS      C/C++ preprocessor flags, e.g. -I/tmp/msgpack-c/include

      LDFLAGS       linker flags

INSTALLATION

    python setup.py install --prefix=~/someplace

RUNNING PyMOL

    ~/someplace/bin/pymol

Good luck!

​

……

不是这个GOOD LUCK是来搞我心态的吧？？看到最上面那堆requirements了没，那上面的所有东西都要挨个安装一遍，少一个都不行。这就是编译劝退人的原因啊！！！

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好了，那么现在所有的安装方案都已经说完啦！如果看晕了，我有几条推荐方案：

第一种方案：超算平台/公共服务器使用Vina

1.安装conda/调用平台预装conda

2.conda安装Vina、ADFR

3.到Github下载Vina源码包解压，找到里面的/example/autodock_scripts，把这个路径记录下来，使用的时候方便（如果你想自动生成用于对接的map文件才需要这一步，对接盒子也可以用LePro生成的结果手算。记录路径是因为用的时候pythonsh后面得写上这个python脚本的具体路径，否则会找不到脚本报错）

4.在自己的电脑上安装Win版本的LeDock、Vscode、Anaconda

5.在VScode里安装Chinese(Simplified)、Protein Viewer插件

6.用自己电脑的win版Anaconda安装PyMOL开源版

第二种方案：自己电脑(Linux)使用Vina

1.安装conda

2.conda安装Vina、ADFR、PyMOL开源版

3.到Github下载Vina源码包解压，找到里面的/example/autodock_scripts，把这个路径记录下来，使用的时候方便（如果你想自动生成用于对接的map文件才需要这一步，对接盒子也可以用LePro生成的结果手算。记录路径是因为用的时候pythonsh后面得写上这个python脚本的具体路径，否则会找不到脚本报错）

4.官网下载LePro、Lefrag的Linux版

第三种方案：自己电脑（Win+Linux虚拟机）使用Vina

1.在两个系统上分别安装conda

2.Linux conda安装Vina、ADFR

3.到Github下载Vina源码包，放进Linux虚拟机下解压，找到里面的/example/autodock_scripts，把这个路径记录下来，使用的时候方便（如果你想自动生成用于对接的map文件才需要这一步，对接盒子也可以用LePro生成的结果手算。记录路径是因为用的时候pythonsh后面得写上这个python脚本的具体路径，否则会找不到脚本报错）

4.Win下安装LeDock、VScode

5.在VScode里安装Chinese(Simplified)、Protein Viewer插件

6.用自己电脑的win版Anaconda安装PyMOL开源版

这下是真写完了。最后，祝各位安装顺利！

本文标签： 全套 教程 软件 AutoDock Vina