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Windows重装系统+虚拟机virtuabox安装+ubuntu系统安装+linux环境下安装fsl 一条龙
- 零:综述
- 一.windows10系统的安装
- 1.准备工作
- 2.制作启动盘
- 3.修改启动设置
- (1)进入BIOS设置
- (2)BIOS的其他设置
- 4.进入安装
- 5.内存分配
- case1:硬盘没有分区
- case2:硬盘分区已经存在
- 6.正在安装
- 7.尾声
- 二.虚拟机VirtualBox 6.1.4的安装
- 1.准备工作
- 2.安装
- (1)主程序安装:virtual box-6.1.4-136177-win
- (2)拓展程序安装:VirtualBox_Extension_Pack
- 三.ubuntu 20.04系统的安装
- 1.准备工作
- 2.初始化配置
- 3.安装
- 4.分辨率问题(插件Virtualbox GuestAdditions 的安装)
- 四.windows与ubuntu的交互设置
- 1.Ubuntu和Windows文件双向拖放的实现
- 2.Ubuntu和Windows设置共享文件夹
- 五.fsl的安装
- 1.fsl是什么?
- 2.fsl的安装
- (1)fsl安装脚本的下载
- (2).python2的下载
- (3).配置环境变量
- (4).尾声
- 附.bug篇
- 1.windows重装系统的某个步骤失败,重启时显示“No Boot device found.Press any key to reboot the machine”?
- 2.windows重装系统失败,致使U盘报废,插入到其他电脑上不显示内存条?
- 3.分配内存地址时显示“无法在驱动器0的分区1上安装windows”?
- 4.windows重装系统时,出现“windows无法安装所需的文件,请确保安装所需的所有文件可用,并重新启动安装”?
- 5.windows重装系统后,磁盘显示需要将其格式化后才能使用?
- 6.软件包python没有可安装候选?
- 7.virtualbox安装增强功能时提示“未能加载虚拟光盘”?
- 8.virtualbox网速很慢怎么办?
- 8.fsl执行命令,提示“error while loading shared libraries: libquadmath.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory”?
- 参考文献:
零:综述
入坑了神经科学,需要处理大量EEG与FMRI等的医学图像,因此需要配置相应环境。本文详细记录了如何从一台无法开机的主机到搭建完linux环境,用fsl进行图像处理的全部过程及其所遇到部分的bug。文章内容极长,但各个章节分工明确,请读者各取所需。
一.windows10系统的安装
万丈高楼平地起,安装windows的步骤是基于本文用户在需要重装系统的假设的前提下撰写的,因此在此处无需求的读者可以略过。
重装系统大致有三个方式:电脑装系统,u盘装系统和光盘装系统。而无论是电脑,u盘还是光盘,它们的作用都是为待安装电脑提供一个新的操作系统,其本身的作用就是作为一个容器和启动盘。因此,若采用u盘方式,则步骤如下:
1.准备工作
注:在安装过程中u盘会被自动格式化,以及之后的硬盘分区步骤可能会造成数据遗失,因此强烈建议提前进行好数据备份。
硬件准备:空白U盘(8G以上)
软件准备:将win10系统下载至U盘中,微软官方提供的Windows10系统下载链接:https://www.microsoft/zh-cn/software-download/windows10
点击:立即下载工具
2.制作启动盘
打开下载好后的安装工具:
同意许可,然后选择为另一台电脑创建安装介质:
选择语言:中文;版本:Windows10;体系结构:64位;去掉“对这台电脑使用推荐的选项”的勾;
选择要使用的介质:U盘;
选择U盘:为此时插入的U盘;
此时软件将自动进行之后的下载工作:
下载好后的U盘文件如下,启动盘制作完成:
3.修改启动设置
在正常情况下,系统启动时会默认为硬盘启动(就是平时什么也不用做就能开机的模式),但是在重装系统时,由于需要用U盘的系统代替被重装的系统,所以设计修改启动顺序的问题,具体设置如下:
(1)进入BIOS设置
BIOS(Basic Input/Output System)是基本输入输出系统的简写,它能为电脑提供最低级最基础的硬件控制。以戴尔电脑为例,进入BIOS的方法是当开机看见戴尔图标时就连按F2键(不同品牌不同型号的进入方式可能不同,若本方法无效,请搜寻爱机的对应的进入方法)。进入后界面如下所示:
找到settings-General中的Boot Sequence,点击可得如下界面:
右上角的四个框就代表了开机时默认的启动顺序,因为此时需要用U盘内的系统来引导,因此点击选中“USB Storage Device”的白框,再点击右方的箭头,将其调整至最顶上。而硬盘启动的名称各个电脑略有不同,此处按下不表
(注意在重装系统结束后一定要把硬盘启动的顺序改回第一个,否则就会陷入开机——重装系统界面——关机——开机的死循环,因为不修改的话电脑会默认利用U盘启动)。
(2)BIOS的其他设置
部分电脑需要一些BIOS的其他设置,如关闭安全启动,做法如下:
在主目录中找到Secure Boot-Secure Boot Enable,在secure Boot栏中将默认的Enable改成Disabled,关闭安全启
将BIOS设置完后点击右下角“apply”保存设置并点击“exit”退出BIOS模式
4.进入安装
退出BIOS后,电脑将重启并进入windows10系统的安装界面:
选择中文,微软拼音后点击“下一步”:
点击“我没有秘钥”;选择“windows10专业版”;接收许可协议,点击“下一步”:
点击“自定义:“”仅安装windows”:
5.内存分配
接下来到了关键的一步,前两次重装系统失败都是栽在了这里,一次甚至直接让U盘报废(如何解决请参见附录的bug篇)。
case1:硬盘没有分区
具体表现为只显示有一个“驱动器0 未分配的空间”:
此时需要我们手动分区,分出系统盘C(C盘大小宜大于128GB)和其他盘,点击“新建”:
点击“确定”,分区将变更为如下所示:
其中第一行的“系统保留”为自动生成;“驱动器0 分区2”为刚才分好的盘,可以看到它的类型为“主分区”(作为C盘);第三行的“未分配空间”将作为其他盘的内存空间,如果嫌一个D盘不够,也可以选中未分配空间,按照刚才的流程继续新建一个盘。
全部分完后点击“下一步”
如果遇见左下角提醒“无法在驱动器0的分区1上安装windows”,请转至附录:bug篇
case2:硬盘分区已经存在
存在的分区是旧系统中的设置,因此需要把之前的系统盘和数据全部清除,因此一定要提前做好数据备份
选中“分区2”,点击:格式化:
点击“确定”,“下一步”,成功将“分区2”格式化,然后点击格式化旁边的“删除”选项,删除该分区。
将所有分区全部格式化并删除后,显示如下:
此时转到case1设置即可
6.正在安装
当分配完内存并点击了下一步后,显示如下界面,重装系统就基本上完成了:
若在“正在准备要安装的文件”这个步骤中出现“windows无法安装所需的文件,请确保安装所需的所有文件可用,并重新启动安装”的报错提示,请参见附录:bug篇
7.尾声
当上图的所有步骤自动执行完成时,电脑将自动重启(千万别忘了之前提到的将BIOS开机顺序调整回来的步骤,不然就得等着一遍一遍安装了(西西弗的系统:西西弗触犯了众神,诸神为了惩罚他,便让他重装Windows系统,但由于他忘记调回BIOS中开机启动项的顺序了,因此每每重启后就又回到安装界面,于是他就不断重复、永无止境地做这件事——诸神认为再也没有比进行这种无效的劳动更严厉的惩罚了。西西弗的生命就这样在一件无效又无尽的劳作中慢慢消耗殆尽。)),重启完成后若显示如下,则windows10系统重装成功,赶快开香槟庆祝吧:
剩下的就是区域,键盘等的初始化设置,此处就不往细里展开了。
二.虚拟机VirtualBox 6.1.4的安装
为了能够在window10系统中运行linux系统,我们首先需要安装虚拟机软件VirtualBox,它能在当前系统上构建出一台虚拟的电脑,在这台虚拟且相对独立的环境中安装软件和系统。具体安装步骤如下:
1.准备工作
首先下载:
(1)virtualbox 主程序:https://www.virtualbox/wiki/Downloads
打开后找到并点击“windows hosts”,开始下载。
(2)virtualbox 拓展程序:网址同上,点击“All supported platforms”,开始下载。
(3)virtubox GuestAdditions插件,提供其他辅助功能。点击链接自动下载:http://download.virtualbox/virtualbox/6.1.4/VBoxGuestAdditions_6.1.4.iso
三样下载完后如下:
2.安装
(1)主程序安装:virtual box-6.1.4-136177-win
双击图标打开:
点击“下一步”,选择安装位置(不建议放入C盘),点击“下一步”:
全部勾选,点击“下一步”:
出现“警告:网络界面 安装virtualbox网络功能将重置网络连接并暂时中断网络连接”,选择“是”;
点击安装;
安装完成后出现:
点击完成即可,打开后界面如下:
(2)拓展程序安装:VirtualBox_Extension_Pack
首先在虚拟机界面内找到“管理-全局设定”:
点击“拓展”
点击右边的“+”号:
找到刚才下载好的“Oracle_VM_VirtualBox_Extension_Pack-6.1.4”文件(图标是绿色的小盒子),点击“打开”:
点击“安装”:
下滑完并同意许可,安装完毕:
至于第三个文件Virtualbox GuestAdditions 的作用是提高分辨率,共享文件等功能,需要在安装完ubuntu系统之后再安装,因此此时直接跳转到安装ubuntu系统的步骤上。
三.ubuntu 20.04系统的安装
1.准备工作
Ubuntu是Linux的发行版。在Linux中,发行版是以Linux内核为基础的操作系统版本。因为fsl必须在linux的环境下安装,因此我们需要在虚拟机中安装一个ubuntu系统。
首先需要下载一个ubuntu系统(20.04):https://cn.ubuntu/download/desktop
进入后点击”下载”:
2.初始化配置
下载结束后就可以在虚拟机内安装ubuntu了,但在这之前需要进行初始化设置,点击“新建”:
名称:随便;
文件夹位置:随便;
类型:Linux;
版本:Ubuntu(64-bit)(看你下的是32bit还是64bit了)
点击“下一步”:
内存大小:我设置为了10GB
新建虚拟电脑:“现在创建虚拟硬盘”:
虚拟硬盘文件类型:“VDI”:
创建虚拟硬盘:“动态分配”:
文件位置和大小:应和上头的设置在一个根目录下
虚拟硬盘大小:视需求而定
点击“创建”:
3.安装
初始化配置成功后的界面如下,现在正式进入ubuntu系统的安装,点击“启动”:
点击右边的文件夹图标:
点击“注册”:
选择启动盘(就是刚才下载的Ubuntu文件)
点击“打开”
点击“启动”:
选择“Try or Installl Ubuntu”:
现在正式进入到了ubuntu的安装界面:
选择:中文;安装Ubuntu:
选择“正常安装”:
安装类型:“清除整个磁盘并安装Ubuntu”,点击“现在安装”:
点击“继续”:
点击地图中的中国,并继续:
(如果由于分辨率的原因,屏幕上无法显示后退和继续那行选项,就使用键盘的“Tab”键框选到“继续”,分辨率的问题由virtual安装时的第三个插件virtubox GuestAdditions来解决,此处暂时按下不表)
创建姓名,密码:
进入安装界面,等待安装即可:
安装完成后,注销并重新登入。
4.分辨率问题(插件Virtualbox GuestAdditions 的安装)
至此,我们为虚拟机安装好了Ubuntu系统,现在可以尽情使用linux系统了,界面如下;
但是当我们想要放大界面时就会发现ubuntu的界面依旧还是这么大,这需要第三个插件来解决:
首先回到虚拟机软件的界面,找到“设置”并点击:
点击“存储”-“没有盘片”-分配光驱右边的光盘图标:
选择“choose a disk”:
选择刚才下载的“VBoxGuestAdditions_6.1.4”光盘:
点击“OK”:
回到Ubuntu界面,左下角可以发现一个光盘样图标,点开:
找到“autorun.sh”文件,右键单击,选择“作为程序运行”:
程序运行完成后,在命令框输入return退出程序,现在放大就可以让linux系统充满屏幕了:
至此,ubuntu的安装工作全部完成,开启你的探索吧。
四.windows与ubuntu的交互设置
当使用VirtualBox的Ubuntu虚拟机时,我们有时希望实现Windows和Ubuntu两个系统之间文件的交互。
1.Ubuntu和Windows文件双向拖放的实现
首先在virtualbox启动界面中找到“设置-常规-高级”,选择共享粘贴板和拖放为“双向”:
然后进入Ubuntu系统,点击菜单栏的“设备-安装增强功能”,安装好后点击任意键返回即可:
关闭虚拟机,打开左上角的”设置“,点击“存储”,将控制器SATA-勾选"使用主机输入输出(I/O)缓存",再同样在存储-控制器SATA-点击“***.vdi”-勾选"固态驱动器",之后重启虚拟机即可。
此时主机与虚拟机的剪贴板将会同步,可以从Windows拖文件到Ubuntu,也可以从Ubuntu拖文件到Windows了。
2.Ubuntu和Windows设置共享文件夹
在Ubuntu系统关闭的情况下点击virtualbox的“设置”,
点击“共享文件夹”;
点击右边“+”号添加共享文件夹的路径
填写路径和名称,点击“ok”
然后打开ubuntu系统,挂载共享文件夹,具体如下:
打开终端(ctrl+alt+T),输入:
mkdir share ##新建一个叫share的文件夹
ls -ld share ##检查是否建好
需要注意主机文件夹与挂载文件夹的名称不能相同。若建好,显示如下:
最后,将share挂载到Ubuntu里,输入:
sudo mount -t vboxsf Share share_dir
大功告成。
但麻烦的是这一方法每次linux开关机后都需要重新设置。
五.fsl的安装
1.fsl是什么?
fsl(FMRIB’s Software Library )是英国牛津大学教授Stephen Smith 开发的软件库,用于医学图像中的CT,结构MRI,功能MRI(任务态或静息态),扩散MRI等数据的预处理和分析。
fsl支持的环境有:Linux,基于Windows虚拟机的Linux
2.fsl的安装
(1)fsl安装脚本的下载
下载链接:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads_registration
附fsl官网链接,其上有很多fsl使用和说明的教程:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/
打开下载链接后,同意许可并填写如下信息:
点击“register”后,点击下载FSL 6.0.5.1版本
下载好后的文件为一个python写成的脚本“fslinstaller.py”,长这样:
(2).python2的下载
该脚本是用Python2写的,而Ubuntu 22.04没有安装Python2。因此需要先安装Python2,如下:
sudo apt install python2
若遇到报错:“软件包python没有可安装候选”,请参考附录:Bug篇
Python2安装好后可开始用下载的.py文件安装FSL(默认安装路径 /usr/local),因此需要最高权限:
sudo su
输入密码:
cd ~/Downloads ##(fslinstaller.py的所在目录)
python2 fslinstaller.py
输入最后一行后,命令行会显示fsl应该下载在哪里:
这一步极其重要,因为即是输入一个错误的目录,下载依旧会进行,但是要等到下载结束安装时才会报错,考虑到下载耗时极长,因此建议地址选择为图中提示的默认目录:“/usr/local/fsl”,将/usr/local/fsl输入至命令行中,下载开始,等待FSL安装结束即可。
这一步耗时极长(文件大小接近20G),且需要保证网络通畅稳定,否则中途有可能下载失败。
值得一提的是,如果我们在一台电脑上已经下好了FSL的文件,可以直接将其直接发送至待安装电脑的"/usr/local/fsl"路径中,然后进行(3),(4)步骤也完全可以,这将节省大量的时间,此方法亲测有效。
(3).配置环境变量
安装好后,需要进行环境变量的配置。在终端输入:
sudo gedit /etc/profile
会自动弹出一个文件,在打开的文件的最后加入以下内容,保存并关闭文件:
export PATH=$PATH:/usr/local/fsl/bin
export FSLDIR=/usr/local/fsl
接着,在终端输入:
sudo gedit /etc/bash.bashrc
同样, 在打开的文件的最后加入以下内容,保存并关闭文件:
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
(4).尾声
此时fsl就已经安装完成了。在终端输入“fsl”(注意:设置完以后需要重启linux系统,否则即使成功终端也会显示没有fsl),若出现如下画面,则安装成功:
此时需要注意:安装成功不代表所有fsl的语句都可以运行,以“fslreorient2std”命令为例,当我们输入该命令处理文件时,可能会报错如下,如何处理请参见附录:bug篇:
至于后续的数据处理我会再开一个博客专门去写,敬请关注。
正文完,非科班出身,因此语言组织不很严谨,欢迎交流指正。
附.bug篇
一些遇到的bug(秃头):
1.windows重装系统的某个步骤失败,重启时显示“No Boot device found.Press any key to reboot the machine”?
参考:http://www.dnxtc/zixun/zhuangjijiaocheng/2019-01-26/3471.html
这个bug是我第一次分区失败,重启电脑后遇到的,
如图所示:
点击任意键后电脑重启,依旧显示这个画面。后来经过摸索,发现由于分区失败致使U盘启动盘的文件损坏,造成了开机时U盘启动和硬盘启动都无法进行开机这个动作,因此需要重做启动盘。重新制作后bug得到解决。
2.windows重装系统失败,致使U盘报废,插入到其他电脑上不显示内存条?
参见:http://www.ujiaoshou/upanjc/jiaocheng/30663.html
1.把U盘插入其他电脑上,右键点击“此电脑”,选择“管理”
2.在“计算机管理”界面,点击“存储”,“磁盘管理”,在右侧找到U盘的存储空间(根据U盘大小),此时显示U盘为未分配状态
3.右击未分配U盘,选择"新建简单卷“,弹出窗口点击:“下一步“
4.在“新建简单卷导向”页面调整“简单卷大小”(即最后能恢复的U盘的内存值,一般设置为最大值),点击“下一步”
5.为U盘选择盘符(用哪个大写字母表示U盘),点击“下一步”
6.如图设置,点击“下一步”
7.完美解决,U盘光彩如新。
3.分配内存地址时显示“无法在驱动器0的分区1上安装windows”?
参见:https://www.jianshu/p/e747d9cb3153
如图所示:
错误原因:
Win10系统均添加快速启动功能,预装的Win10电脑默认都是UEFI引导和GPT硬盘,传统的引导方式为Legacy引导和MBR硬盘,UEFI必须跟GPT对应,同理Legacy必须跟MBR对应。如果BIOS开启UEFI,而硬盘分区表格式为MBR则无法安装;BIOS关闭UEFI而硬盘分区表格式为GPT也是无法安装Windows。
解决方法:
1.在当前安装界面按住Shift+F10调出命令提示符窗口;
2.输入diskpart,按回车执行;
3.进入DISKPART命令模式,输入list disk回车,列出当前磁盘信息;
4.要转换磁盘0格式,则输入select disk 0回车,输入clean,删除磁盘分区;
5.输入convert mbr,回车,将磁盘转换为MBR,输入convert gpt则转为GPT;
6.最后输入exit回车退出命令提示符,返回安装界面继续安装系统。
7.然后点击新建磁盘就可以安装驱动。
4.windows重装系统时,出现“windows无法安装所需的文件,请确保安装所需的所有文件可用,并重新启动安装”?
出现这个报错提示,很大的可能是U盘启动盘中的问题,请检查
(1)BIOS开机顺序中是否将U盘启动盘设置为第一优先级
(2)U盘是否插好(很多bug就是这样的诡异,当我把U盘从主机前边的USB接口插到后头的接口,然后又运行了一遍重装系统的程序时,这个报错就自己消失了。后来用的时候发现,原来是主机前边的USB接口接触不良导致的安装失败)
(3)启动盘文件是否正常且完整
5.windows重装系统后,磁盘显示需要将其格式化后才能使用?
打开I盘后报错:
此时点击“格式化磁盘”,并设置如下:
容量选项:根据重装系统时的分区大小默认设置;文件系统:4G以下选用AFT32,大于4G选用NTFS或者exFAT(兼容性:FAT32≈NTFS>exFAT);分配单元大小:选择文件系统后自动生成,一般无需修改。点击开始,磁盘就能够正常打开和使用了。
6.软件包python没有可安装候选?
参考:https://blog.csdn/yinhangbin/article/details/125248857
尝试更换软件源服务器后没能解决,利用如下代码成功解决:
sudo add-apt-repository universe
sudo apt update
sudo apt install python2
很多教程在执行这一步时的代码是“sudo apt install python”,因此提示没有可安装候选。但实际上应该为“sudo apt install python2”,于是成功安装python2
7.virtualbox安装增强功能时提示“未能加载虚拟光盘”?
当点击“安装增强功能”后出现:
解决方法:弹出现有的光盘:
再点击“设备 - 安装增强功能”后,点击“运行光盘” 时恢复正常
8.virtualbox网速很慢怎么办?
将网络适配器由NAT改为“桥接模式"。
参考:https://blog.csdn/qq_39043771/article/details/105033707?spm=1001.2014.3001.5506
8.fsl执行命令,提示“error while loading shared libraries: libquadmath.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory”?
参考:https://wwwblogs/codingmengmeng/p/7456539.html
这个bug的原理非常简单:linux系统一般只在/lib和/usr/lib这两个目录下寻找库文件,而安装包安装时,lib文件一般会在别的目录下;因此当程序需要链接库时,就会提示找不到相关的库。也就是说,需要将安装包库文件的目录加入到共享库的配置文件中。
具体如下:
搜索“libquadmath.so.0”(不一定叫这名字,视具体bug而定)所在的路径(在我的电脑中,这个路径是"/usr/local/fsl/fslpython/lib"),然后在终端进入root模式:
sudo su
将该目录加入到共享库的配置文件中:
echo "/usr/local/lib" >> /etc/ld.so.conf
ldconfig
显示:
运行结束后输入“exit”退出root模式
此时测试“fslreorient2std”,完美运行!
参考文献:
1.https://zhuanlan.zhihu/p/93127323
2.https://blog.csdn/qq_45373920/article/details/122409002
3.https://zhuanlan.zhihu/p/111567471
4.https://blog.csdn/qq_45269105/article/details/122580856?spm=1001.2014.3001.5506
5.https://blog.csdn/jumpingpig/article/details/104109395?spm=1001.2014.3001.5506
6.https://blog.csdn/jumpingpig/article/details/104109113
7.https://blog.csdn/wanxuexiang/article/details/84574660#:~:text=%E4%B8%80%E8%88%AC%E6%88%91%E4%BB%AC%E5%9C%A8Linux%E4%B8%8B%E6%89%A7%E8%A1%8C%E6%9F%90%E4%BA%9B%E5%A4%96%E9%83%A8%E7%A8%8B%E5%BA%8F%E7%9A%84%E6%97%B6%E5%80%99%E5%8F%AF%E8%83%BD%E4%BC%9A%E6%8F%90%E7%A4%BA%E6%89%BE%E4%B8%8D%E5%88%B0%E5%85%B1%E4%BA%AB%E5%BA%93%E7%9A%84%E9%94%99%E8%AF%AF%2C%20%E6%AF%94%E5%A6%82%EF%BC%9A%20error%20while%20loading%20shared,libraries%20XXX%20%E5%8E%9F%E5%9B%A0%E4%B8%80%E8%88%AC%E6%9C%89%E4%B8%A4%E4%B8%AA%2C%20%E4%B8%80%E4%B8%AA%E6%98%AF%E6%93%8D%E4%BD%9C%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E9%87%8C%E7%A1%AE%E5%AE%9E%E6%B2%A1%E6%9C%89%E5%8C%85%E5%90%AB%E8%AF%A5%E5%85%B1%E4%BA%AB%E5%BA%93%20%28lib%2A.so.%2A%E6%96%87%E4%BB%B6%29%E6%88%96%E8%80%85%E5%85%B1%E4%BA%AB%E5%BA%93%E7%89%88%E6%9C%AC%E4%B8%8D%E5%AF%B9%2C%20%E9%81%87%E5%88%B0%E8%BF%99%E7%A7%8D%E6%83%85%E5%86%B5%E9%82%A3%E5%B0%B1%E5%8E%BB%E7%BD%91%E4%B8%8A%E4%B8%8B%E8%BD%BD%E5%B9%B6%E5%AE%89%E8%A3%85%E4%B8%8A%E5%8D%B3%E5%8F%AF%E3%80%82
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