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一、Gromacs 分子动力学该怎么选择合适的安装方式

安装好的友友如需了解全面的流程请移步：《分子动力学新手入门：一文读懂GROMACS使用全流程，轻松开启模拟之旅》

首先根据Gromacs的官网我们可以得到目前最新的版本于2024 年 10 月 31 日发布是2024.4的版本

那么接下我们讲一下，到底该选择什么样的安装方式最恰当。

二、Gromacs分子动力学工具详情介绍

首先这个软件是Linux的软件，从官网提供的下载文件可以看出默认没有Windows可以直接用的版本，所以Windows的话要安装载体来安装Linux系统（Ubuntu/CentOs二选一），这个载体也就是WSL系统或者虚拟机，还有一种载体叫双系统，为虚拟机的升级版。

1.了解Gromacs在Windows系统上安装的前提

直接有Linux电脑、超算或者服务器的友友跳过这里看下面的第三点哈（这里讲解Windows）。

由于Windows不能直接安装Linux系统的软件，因此我们要安装相应的载体来承载Linux系统，载体通常分为三种“虚拟机”、“WSL2子系统”、“双系统”

不同的载体安装出来效果不一样 官网已经停止维护，学校用的居多 官网长期维护，目前职场里面用的居多+ «选» 载体 虚拟机（VXBox或者VMware） WSL/WSL2子系统 双系统 载体本质区别 WSL/WSL2以及虚拟机都是基于Windows的基础上 来安装的，相当于数据都是要经过Windows在通过载体然后给到 里面的Linux系统的；（相对安装过程简单） ---------------------------------------------------------------------------- 而双系统和Windows是独立的，并不依赖于Windows，数据可以 直接通过载体到Linux系统，是最流畅的。（相当于开机的时候 直接选择进入Linux系统还是进入Windows系统，安装难度非常 大） 选Linux系统 CentOS 一般选择CentOS7 Ubuntu 一般选择Ubuntu22.04 或者Ubuntu23.04

2.Gromacs使用WSL/WSL2子系统和虚拟机载体安装的区别

了解了载体和Linux系统有哪些以后，如何选择呢？网络上大多数是虚拟机的版本，但是电脑配置不好的同学可能体验不是很好没会卡顿，还容易出现 虚拟机无法上网

下面详细讲一下WSL/WSL2子系统和虚拟机安装的区别；

  1. WSL2子系统默认是没有可视化的页面的如图1，虚拟机安装是默认有可视化页面的如图2；
  2. 若WSL子系统也想安装图二的可视化页面需要额外复杂配置，是另一种技术（X11、XServer等）；
  3. 其次是WSL2系统和双系统才可以安装CUDA支持的GPU加速版本的Gromacs，虚拟机则只能安装普通版，因为虚拟机默认调用不了windows系统的显卡；

（其次Gromacs动力学软件本身就是无可视化的软件，相当于安装后不像VMD、Grace这种作图的Linux软件有自己的窗体，Gromacs全靠gmx命令驱动，所以选择WSL子系统还是虚拟机全凭自己喜好，以及自己的显卡和内存的好与坏！）


图1（WSL 子系统安装的Ubuntu+Gromacs2023.2 默认无可视化，打开Linux（Ubuntu系统）就是黑色命令框）


图2（虚拟机安装的Ubuntu+Gromacs2023.2）

图3图4 WSL子系统额外安装可视化后的样子（可视化页面需要额外复杂配置，是另一种技术（X11、XServer等）；）

3.Gromacs动力学双系统载体安装

双系统是虚拟机的升级版，没有虚拟机的那一层壳子，自然独立于Windows系统（使用时一般是开机的时候选择是要进入Windows系统还是Linux系统）

选择进入什么系统


这是双系统安装的CUDA支持的Gromacs2023.2加速版。

双系统的安装的话最优是使用U盘的方式安装，需要提前准备一个10G以内的空U盘来作为安装的启动盘。

三、Gromacs分子动力学工具 Linux的安装：

如果有Linux系统的电脑、超算或者服务器安装Gromacs的话就方便很多，纯Linux系统的优势肯定是比Windows快的。

有了纯Linux系统的电脑、超算或者服务器安装Gromacs就只需要考虑一个“性能”以及Gromacs的版本。

例如：Gromacs2018、Groamcs2019、 Groamcs2021的版本是众多老一辈技术家常用的，所以网络上能找到的学习教程大多数都是老版本的，虽然现在更新很快到了Gromacs2024.0了，所做的更新对于一些新手可能初次使用跟着教程并不是学的很舒畅。
当然有专业老师教的话，肯定是建议安装最新的版本，性能更稳定。

其次Gromacs如果模拟一写小型的计算，正常电脑都没问题，但是如果根据需求所做的模拟量大了，普通的笔记本可能安装了CUDA加速版的情况下依然要跑30个小时,这就需要考虑换一个好的显卡或者是租用某些平台的超算来进行；

四、Gromacs分子动力学工具版本选择

Gromacs版本 Gromacs普通版本 1.一般安装上自带thread_mpi 2.GPU support为disabled 支持CUDA加速的GPU加速版 1.会出现CUDA driver的版本号 2.会出现CUDA runtime的版本号 3.GPU support为disabled 安装时的差异 1.普通版任意Linux系统或者安装了载体的Windows都能安装。 2.支持CUDA加速的GPU加速版的Gromacs需要Windows电脑 和Linux电脑有NVIDIA的显卡。

NVIDIA显卡查询方式：


1.电脑右下角有这个图标


2.搜索NVIDIA以后出现了NVIADIA控制面板即可安装Groamcs加速版。

五、与我联系——解决Gromacs安装问题

了解清楚了Gromacs安装之前的这些知识以后，如果嫌弃麻烦需要远程安装的友友可以联系！
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本文标签： 有什么 动力学 该怎么 合适 分子

版权声明：本文标题：Gromacs 分子动力学 远程安装介绍 全网最详细的Gromacs安装前说明 该怎么选择合适的安装方式 Windows直接可用的Gromacs（预编译版）有什么危害？Gromacs安装需要准备什么？ 内容由网友自发贡献，该文观点仅代表作者本人， 转载请联系作者并注明出处：http://www.freenas.com.cn/jishu/1732492585h1540274.html， 本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容，一经查实，本站将立刻删除。