双系统虚拟机VMware Ubuntu 脑神经软件安装记录（FSL, MRtrix，MRIcron，SPM12)

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这部分内容虽然在csdn上已经有很多帖子了，作为一个刚接触这个领域的小白，我也是站在前人的肩膀上一步一步的安装过来的，其中有些波折，本贴主要是为了简单记录一下（甚至有些不理解的问题），交流记录为主（如果有大神能解决我提出的问题十分欢迎和感谢），也以免之后自己重装忘记，如果能够帮助到类似的问题更好。

本文的整个框架以及主要的流程是基于以下这篇文章（内容很详细，其中找的资源参考很全面），在大体上和这篇文章一模一样的情况下，主要加入了一些个人遇到的问题，过程记录为主。

（踩坑向+靠谱安装贴记录）ubuntu20.04安装freesurfer、FSL、ANTs、MRtrix，虚拟机

目前安装了两个FSL,MRtrix先记录一下，（后续安装Freesufer,ANTs再作补充）

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0.1 补更新：双系统安装Ubuntu

因为后续更换了一台台式机需要重新安装Ubuntu，考虑到台式机性能就没有再安装虚拟机所以换成了尝试双系统。

主要参考Win10安装Ubuntu18.04双系统，图文详解，全网最详细教程，这篇非常详细。也可以同时参考Window Linux双系统安装 超详细教程。

Note:安装双系统主要的问题就在于刻录启动盘，记得用一个空的（因为需要格式化），（足够大的16G以上）U盘，以及选择一个合适的ultraISO版本（很多问题都是因为版本不合适导致的），ultraISO资源可参考使用ultraISO制作U盘制作系统盘提醒：设备忙，请退出所有在运行的应用。

另外由于台式机环境的问题无法用有线网，只能用一个无线网卡（型号是TPlink的TL-WDN6200），官网上查到的驱动只适合Ubuntu18，而我用的20版本不太合适。

0.2 虚拟机VMware以及Linux Ubuntu版本安装

八分钟完成VMware和ubuntu系统安装

根据其中的流程，第0步先安装VMware和Ubuntu（Linux), 其中说用VMware16的版本搭配Ubuntu20，说其他版本的VMware可能有Ubuntu开机问题。但我使用VMware15.5有一段时间了，没有升级到VMware16，安装Ubuntu后目前未发现任何问题。

目前我给这个虚拟机分配了4G内存，2处理器*2内核=一共4个内核，40GB存储，网络NAT，据不过安装之后不够用都是可以调整的。

-------------------------------------------------------补充（番外）----------------------------------------------------

有一次Ubuntu虚拟机使用途中突然就没网了，检查电脑主机是有网的，找了很多文章没发现问题，但是这篇文章直击要害，目前虽然还是不知道是动了哪里，怎么引起的，但是根据这个步骤就解决了。

Ubuntu突然无法上网解决

1 安装FSL 

在前人血的教训下没有踩坑清华和中科大的镜像（据说功能不全）在官网下载 fslinstaller.py 后通过python运行安装。但好像目前Ubuntu都是默认python3了，说运行这个fsl的安装程序用python2靠谱一点，我还安装切换了一下python2来运行。（但不知道为什么我看教程都是python命令就默认python2了，但我的终端里必须写明指令python2或者python3来运行，写python他不认识）

具体安装过程参考，保姆级别的教程

Ubuntu通过python脚本安装FSL

但是在自动安装过程运行python fslinstaller.py就很玄学（慢+不稳定）了，我看网上有别人说失败次数太多（5次）就放弃了。我还算幸运，失败了两次。大约4GB的FSL大小，第一次用了一个小时安装了1%失败了，他自动开始第二次安装，用40分钟安装了2%。之后第三次就顺利成功了，但时间较长，我让他在那放了一整夜，大约7，8个小时（据说晚上速度快？反正以白天的速度计算大概需要40个小时，但一晚上之后就安装好了）

当然这个安装速度根据不同电脑性能，网络速度等因人而异，这里我主要是记录一下，在这一步不用着急。

在最后一步配置时遇到一点小问题，在这里这个.之后忽略了一个空格，导致一直失败，后来找到了就好了（虽然我还不理解这里的原因，但应该是个Ubuntu指令原理的细节问题）

 历经15小时的艰难险阻，最后成功打开fsl界面。

使用了一段时间之后发现fsl自带的fsleyes有些问题，查找之后发现自带的版本很低，最新的fsleyes需要手动下载更新，详情参考医学影像阅读/分析软件FSLeyes安装避坑，FSL6.0.3/FSL6.0.4完整安装与FSLeyes。通过conda装的，详细路径可能需要更改一下

2 安装MRtrix

2.1 通过编译安装

主要参考这个视频，讲解很详细

MRtrix3-弥散像分析和神经纤维束追踪-01：安装MRtrix3

大概步骤分为 1.安装依赖 2.在git上下载源码（这步可能不稳定，最上面文章有解决办

（cd进入mrtrix3文件夹）3.configure 4. build

我跟着这个步骤走下来，前三步都很快很顺利。但是到了最后一步build编译就疯狂报错。根据上面博主教程说依赖没有问题编译就应该没有问题，但我觉得这一步遇到的问题不止如此，很多偶然性，难以预料。

-----------------------------------------------------问题记录（未完全解决）-------------------------------------------

第一个问题我是遇到的

ERROR: (195/546) [CC] tmp/cmd/mrregister.o

 都说MRtrix官网上的community很好，你提问题官方一般人员一周之内都会给你回复（我的24小时左右都回复了）。

所以我问了这个问题，官方人员给出的问题可能是给虚拟机分配的内存可能不足（他说要一个核至少1GB内存）我最开始4个核分的4GB就有点紧张，我改成了4个核分配8GB就果然解决了这个问题。

结果紧接着越过了这个问题又遇到了第二个问题

ERROR: (209/546) [LB] bin/shview

 事到如此，已经发现这个编译法不简单，果断换成anaconda安装。以上这个问题也没在深究了，如果有知道的朋友也欢迎解答。

2.2 通过Anaconda安装（预编译版本）

这个方法应该是官网也比较推荐的方法（一键到位），整个安装不到五分钟（加上装anaconda就十分钟）。就两行conda命令，安装好后也不需要部署环境，配置路径。

但有看到说这种预编译版本可能有gpu无法加速的问题，目前我还没有遇到。

主要参考【脑神经软件安装记录】UBUNTU18.04、MRTRIX3、FSL安装记录

另外，通过anaconda装的mrtrix的安装位置比较隐蔽，询问后应该是在anaconda的默认目录下。

 （再次感叹mrtrix community的强大，这种琐碎的问题也有很快的回复）

另外附上mrtrix有个conda操作的详细指导地址 MRtrix Anaconda Documentation

最终通过mrview打开mrtrix测试安装完成

3 安装MRIcron

格式转换普遍是用的是MRIcron中的的dcm2nii，以下为安装参考

主要参考Ubuntu/centors安装FSL和MRIcron，也可以以使用dcm2nii将dcm文件转换为nii格式 为辅。

下载地址：https://people.cas.sc.edu/rorden/mricron/install.html，从这里会跳转到https://www.nitrc/frs/?group_id=152 进行下载，记得下载16年那一版中的lx版本，（19年发布的mricron_linux感觉有点不适用）。下载之后按照教程中的内容配置路径一直失败，最后还是用

sudo gedit /etc/profile
sudo gedit /etc/bash.bashrc

在这两个文件最后加了export PATH=$PATH:..........（自己解压的那个文件夹路径）

但是命令行可能打不开dcm2niigui，（报错Gtk-Message: 04:11:35.587: Failed to load module "canberra-gtk-module"），查阅后安装

sudo apt-get install libcanberra-gtk-module

安装后可以用命令行打开dcm2niigui，但是如果不想安装的话也可以在解压的lx文件夹中双击打开dcm2niigui，把所有文件拖入gui界面也可以完成操作。

4 SPM12/Matlab R2022b Linux

为了安装传说中的主力分析软件SPM，得依靠Matlab安装

详情参考Linux MATLAB R2022b v9.13最新版安装教程！  

安装完后配置路径，以及可以添加一个.desktop图标在桌面显示（但不知道怎么我是阴差阳错的用到软连接/etc/altertives了也挺好用，Linux还比较生疏...）

SPM12就在官网下载相应版本，unzip解压之后，再在matlab中添加这个解压文件夹的路径就可以了

但是目前这个2022b版本不知道是不是太新了（目前2022.11月还有这个问题，后续希望应该能解决），在使用SPM会加载不出来Graphics图形化界面，像以下这样

 换了个老一点的matlab 2021a的版本，一输入spm之后，graphics的首页就有显示（感觉也是一种检查的办法），后续使用也都正常

5. Xjview

看spm 统计学差异结果时，spm中自带的result板块不太清晰，且不能叠加一些模板，比较主流的方式就是用xjview去配套查看spm统计学差异结果。和spm一样，还是一个基于matlab的软件，去官网下载后，直接导入matlab再在下方命令中输入xjview即可打开

6. ITK-SNAP

本意是用来查看一些从核磁来的原始raw data，itk-snap可以很好的识别原始数据类型、属性等。但看介绍此软件也具备很好的标注功能。

6.1. 可以在官网下载后安装ITK-SNAP Home

linux 下使用ITK-SNAP_霸道芊总的小金库的博客-CSDN博客但此方法我尝试后没有反映

6.2 于是直接sudo apt-get, aptitude 就可以很方便的安装好了ubuntu安装ITK-SNAP - 知乎

6.3 还看到一篇汇集多种方法的文章，有空可以研究研究ubuntu安装itk-snap_ubuntu 安装itk-snap4.0.0_Nightmare004的博客-CSDN博客

7. 3D Slicer

为了尝试不同的可视化工具，下载安装3d slicer试试

步骤就是在官网下载安装包安装，详细参考ubuntu安装3d Sclicer_ubuntu 安装slicer_Nightmare004的博客-CSDN博客

至于很多其他遇到的配置困难的问题，这样做暂时还没遇到

这样安装好后再配置以下环境变量方便在整个全局中直接输入Slicer打开

sudo gedit /etc/bash.bashrc
export PATH=/home/.../Slicer-5.2.2-linux-amd64:$PATH

保存之后重新打开终端输入Slicer就可以打开了

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